Мадхвачарья родился неподалеку от Удипи в 1238 году в семье старого, но набожного брамина. Образование мальчику дал отец, но в 11 лет Мадхва почувствовал «внутренний порыв, которому не мог сопротивляться». Он принял духовный сан и стал вести отрешенный образ жизни. Местный праведник и приверженец индуистской школы Адвайта-веданты Ачьюта Прекша посвятил Мадхва в санньясу (этап жизни, который характеризуется отказом от мира). С этого момента мальчик взял имя Пурна Прагнья (под которым и известен среди верующих).

Через семь лет после принятия обета Мадхвачарья отправился в паломничество к Бенаресу, Аллахабаду и Дели. На своем пути он не раз спорил с другими известными религиозными подвижниками и школами (буддистами, джайнистами и индуистами), собирая последователей собственного учения. Однажды он прибыл в Бадаринатх, где 48 дней хранил обет молчания, совершая омовения в Ганге. По окончании суровых аскез он огласил свой первый комментарий к Брахма-сутрам. Мадхва создал философскую традицию двайта в школе веданты. Двайта провозглашает, что Бог (Параматман) и души (Дживатма) существуют отдельно друг от друга; с этой точки зрения, души не создаются Богом, но зависят от него.

Вернувшись в Удипи, Мадхвачарья написал свои комментарии к десяти «Упанишидам» и сочинил 40 гимнов «Ригведы». Позже он снова отправился пешком в Бадринахт, держа в руках лишь посох. На обратном пути монах заглянул и на Гоа. Благодаря своим религиозным практикам он отличался крепким здоровьем и прожил долгую жизнь. Он провел десятилетия, обучая своей теологии последователей, которые затем распространяли его идеи по всей стране. В возрасте 79 лет Мадхва «оставил мир смертных» и вернулся в храм Бадринатха, где и остается по сей день.