Po stuleciach przymusowej izolacji, w ciągu ostatnich stu pięćdziesięciu lat Japonia stała się jedną z najbardziej przedsiębiorczych i wpływowych cywilizacji pod względem ekonomicznym i kulturowym. Samurajowie epoki Edo interesowali się kabuki, drzeworytami „przemijającego świata” i polityką wewnętrzną, a sto lat później japońscy artyści, architekci, projektanci mody i biznesmeni znaleźli się w centrum uwagi świata. Dawne tradycje Wa (co tłumaczy się zwykle jako „harmonię”) zostały zastąpione przez nowe, skoncentrowane na postępie i zyskach.

Według Kojiki, pierwszej książki napisanej w Japonii (około roku 712) rodzeństwo bóstw Izanagi i Izanami, urodzonych po pierwszych pięciu bogach pierwotnych, stworzyło 434 wyspy japońskie, mieszając morza za pomocą wielkiej włóczni. Spadające z niej krople miały utworzyć ląd, na których zamieszkała dwójka bóstw i przyjęła pozostałe kami (bogów albo „esencje duchowe”). Prawda jest jednak o wiele bardziej prozaiczna – ludzie po prostu przekroczyli mosty lądowe przed oderwaniem się wysp od Azji. W roku 660 istniała tam cywilizacja, której cesarz rzekomo był potomkiem bogini słońca Amaterasu.

„Udokumentowana historia” Japonii zaczyna się około trzeciego wieku, choć wzmianki o niej pojawiały się już wcześniej, na przykład w chińskiej Księdze Późniejszych Hanów pochodzącej z roku 57. Ten Kofun-jidai („okres Kofun”) to czas umocnienia siedmiu wojowniczych klanów, z których najpotężniejszym stał się Yamato – nie bez przelania mnóstwa krwi – w południowej i środkowej części głównej wyspy Honsiu. Yamato w końcu podporządkowali sobie wszystkich oponentów oraz ogłosili się cesarzami zjednoczonych wysp japońskich. W ciągu kilku kolejnych wieków ich władza osłabła jednak, ponieważ pozycja dworu cesarskiego była nieustannie podkopywana przez ambitnych daimyo (w wolnym tłumaczeniu „panów”).

Przez pierwsze wieki panowania cesarzy Yamato japońscy rolnicy zaczęli używać żelaznych narzędzi, a także powstały nowocześniejsze metody uprawy oraz zalewania pól ryżu, smacznego i bardzo pożywnego ziarna, które szybko stało się podstawą kuchni japońskiej. Ta agrarna obfitość oznaczała, że mniej rolników mogło wytwarzać więcej żywności, dzięki czemu daimyo mogli skierować nadwyżkę ludzi do działań wojskowych. W japońskim społeczeństwie powstała nowa klasa: samuraje, czyli „ci, którzy służą blisko”. Wkrótce rozmaici panowie mieli swoje prywatne armie. To w tym okresie Japończycy importowali też wiele wynalazków technicznych od sąsiadów, najważniejszym z których było pochodzące z Chin pismo. Wraz z chińskimi tekstami przybyła również religia w postaci konfucjanizmu, a w VI wieku pojawił się także buddyzm.

Pierwsi szogunowie zostali wyznaczeni przez cesarza na Sei-i Taishoguna („głównodowodzącego sił ekspedycyjnych do walki z barbarzyńcami”), żeby usunąć Emishy, Ajnów i inne zamieszkujące wyspy plemiona, które nie podporządkowały się cesarskim rządom. Z czasem tytuł ten stał się dziedziczny, a szogun został uznanym przywódcą wojskowym i prawdziwym władcą stojącym za cesarskim tronem. Nie trzeba raczej dodawać, że prowadziło to do wielu wewnętrznych walk o to stanowisko. W 1185 r. na przykład, podczas wojny Gempei, Minamoto zabił większość członków klanu aktualnego szoguna, Taira, a następnie niezwłocznie ustanowił prawnie system feudalny, w którym odizolowany cesarz był właściwie tylko szanowaną marionetką.

Po śmierci Yoritomo Minamoto rodzina jego żony, klan Hojo, przejęła kontrolę nad szogunatem. Hojo Tokimune odparł dwie inwazje mongolskie, szerzył buddyzm zen i pomógł w stworzeniu ostatecznej postaci kodeksu bushido. Inwazje Mongołów miały kluczowe znaczenie dla dwóch elementów japońskiej historii: Japończycy byli przerażeni, gdy okazało się, że ich miecze łamią się na grubych, skórzanych zbrojach mongolskich, co doprowadziło do stworzenia przez mistrzów płatnerstwa słynnej katany... a po drugie nieustraszeni samuraje po raz pierwszy z trzech zmierzyli się z obcokrajowcami – pozostałe dwa razy to inwazja Korei w roku 1592 oraz Riukiu w 1609 i każdy z nich skończył się podobnie, czyli krwawą jatką.

Klan Hojo utrzymał rządy do roku 1333, kiedy cesarz Go-Daigo przeprowadził zamach stanu, by rodzina cesarska odzyskała prawdziwą władzę. W walce towarzyszyli mu arystokraci oraz klany samurajskie, a także niektórzy walczący mnisi buddyjscy. Niektórzy ważni sojusznicy Go-Daigo byli jednak niezadowoleni ze swojego udziału w łupach i w 1336 roku zbuntowali się, wypędzając cesarza na północ, w Góry Yoshino. W efekcie przez następnych 60 lat istniały dwa dwory cesarskie, północny i południowy, między którymi podzielona była władza nad Japonią. Południowy cesarz pozostał marionetką, a prawdziwe rządy sprawował szogunat Ashikaga. W 1391 roku dwory cesarskie połączyły się, a kontrolę przejął wielki szogun, Ashikaga Takauji.

Tak rozpoczął się etap rozwoju Japonii zwany epoką „Walczących Królestw” (w formalnej terminologii Sengoku), czyli 150 lat pełnych niepokojów społecznych, intryg politycznych (i zamachów), a także praktycznie nieprzerwanych starć militarnych pomiędzy prywatnymi armiami samurajów. Istniały też jednak jasne strony tych czasów: projektowanie wspaniałych zamków – z których część stoi do dziś – stało się formą sztuki; wojownicy japońscy nauczyli się posługiwać różnymi rodzajami broni, w tym muszkietami przywiezionymi przez europejskich handlarzy; pojawili się też pierwsi ninja. W końcu kraj został prawie zjednoczony przez Odę Nobunagę, który niestety w 1582 r. został zdradzony i zabity przez jednego ze swoich najbardziej zaufanych oficerów. Następnie doszło do krwawych walk, po których sąsiad i sojusznik Nobunagi, daimyo Ieyasu Tokugawa – jeden z najsłynniejszych samurajów wszech czasów – został szogunem w roku 1603.

W samym środku tej zawieruchy zjawili się Europejczycy. W 1543 r. portugalski statek zmierzający do Chin dopłynął do wyspy Tanegaszima, a w kolejnych kilku latach pojawiali się handlarze nie tylko z Portugalii, lecz także Hiszpanii, Holandii i Anglii, a jezuiccy, dominikańscy oraz franciszkańscy misjonarze postanowili tam zostać i szerzyć swoją naukę. Nowy szogun podejrzewał, że enklawy handlowe i kościoły są tylko zwiastunami europejskiej inwazji, a zmianie tego przekonania zdecydowanie nie pomagał fakt, iż chrześcijaństwo rozprzestrzeniało się błyskawicznie, szczególnie wśród posępnego chłopstwa. W 1637 r. powstanie na półwyspie Shimabara, podczas którego zbuntowało się około 30 tysięcy chrześcijan (głównie chłopów) i roninów (samurajów bez pana) zostało stłumione dopiero przez olbrzymią armię dowodzoną właśnie przez szoguna.

Szogunowie mieli dość. Po powstaniu na półwyspie Shimabara wprowadzono pierwsze sakoku (prawa izolacji) za panowania Iemitsu Tokugawy, a kolejne dodali jego następcy w ciągu następnych 250 lat. Misjonarze, handlarze i wszyscy obcokrajowcy – poza niektórymi Holendrami i Chińczykami związanymi z wyspą Dejima w Nagasaki – zostali wygnani. Handel z Koreą został ograniczony do Cuszimy i pod groźbą kary śmierci żaden obcokrajowiec nie mógł przybyć do Japonii, a Japończyk nie mógł jej opuścić. Katolicy zostali wypędzeni, zburzono ich szkoły i kościoły, a daimyo zakazano zostawania chrześcijanami, oczywiście również pod karą śmierci (była to standardowa japońska kara za praktycznie każde przestępstwo).

Niezależnie od tego, czy polityka sakoku była odpowiedzialna, w ciągu ponad 250 lat szogunatu Tokugawów Japonia przeszła rozkwit społeczny i kulturowy, a ponadto cieszyła się względną stabilnością oraz pokojem (choć wymuszanymi ostrzami katan). Druk za pomocą drewnianej prasy ukiyo-e pozwolił stworzyć mistrzowskie dzieła sztuki, a podobnie było też w teatrze kabuki i bunraku; z tego okresu pochodzi również część najsłynniejszych kompozycji na koto i shakuhachi. Gejsze przestały być zwykłymi artystkami – w różnych dziedzinach – a stały się uosobieniem wyrafinowanej kobiecości. Patronat samurajów nad sztukami upowszechnił na wszystkich wyspach eleganckie ogrody i architekturę. Struktura społeczna stała się sztywna, bowiem w tym systemie każdy znał swoje miejsce i obowiązki, od najniżej położonych chłopów (około 85% populacji), aż po 250 daimyo. Kara za wyjście poza swoją pozycję była surowa... i natychmiastowa. Wszystko podlegało sztywnym rytuałom, od parzenia herbaty aż po samobójstwo.

Japonia radziła sobie mimo wszystko całkiem nieźle, dopóki w roku 1853 nie zjawił się amerykański admirał Matthew Perry. Wpłynął on do zatoki Edo z gotowymi do strzału działami swoich czterech nowoczesnych okrętów i zażądał otwarcia nieograniczonego handlu Japonii z Zachodem. Rok później Perry pojawił się ponownie, tym razem już z siedmioma okrętami i zmusił szoguna do podpisania „Traktatu o pokoju i przyjaźni” grożąc amerykańskimi wielkimi działami. W ciągu kolejnych pięciu lat Japonia musiała podpisać podobne porozumienia z większością zachodnich mocarstw. Wstyd wywołany słabością wobec obcych wojsk stojących u progu Japonii pogrążył szogunat, a realna władza wróciła do cesarza.

W 1867 r. na tronie zasiadł energiczny młody cesarz Menji i zapoczątkował okres radykalnych reform całego kraju, pragnąc, by Japonia militarnie i gospodarczo dorównała Zachodowi, którego okręty pływały pomiędzy wyspami japońskimi. Do roku 1912 rząd zakazał feudalizmu, przekazał ziemie większości daimyo pod „cesarską kontrolę” i sporą część z nich oddał uprawiającym je chłopom, wprowadził wolność wyznania, wspierał handel i praktycznie zniszczył kastę samurajów. Na bardziej pragmatycznym polu tron popierał rozwój przemysłu i ustanowił monarchię konstytucyjną wzorowaną na modelu europejskim. W roku 1873 Japonia wprowadziła również ogólnonarodowy pobór do wojska, tworząc w ten sposób Japońską Armię Cesarską i Marynarkę Wojenną.

Działania te były tak skuteczne, że kraj szybko został liczącą się w regionie siłą i wkrótce zaczął naśladować kolejną aktywność Zachodu – budowę imperium kolonialnego. W roku 1894 Japonia weszła w spór z chylącymi się ku upadkowi Chinami o dominację nad Koreą, zdecydowanie wygrywając i zdobywając „niepodległość” dla Korei i Formozy, a dla siebie Peskadory oraz półwysep Liaotung. Mocarstwa zachodnie zmusiły jednak Japonię do zwrócenia tego ostatniego Chinom, które szybko wydzierżawiły go Rosji. Rozsierdziło to Japończyków tak bardzo, że w roku 1904 wybuchła wojna rosyjsko-japońska, która dała Japonii możliwość pokazania, iż potrafi pokonać mocarstwo „Zachodu”. I wojna światowa dała Nipponowi okazję na przejęcie posiadłości pokonanych Niemiec w rejonie Azji i Pacyfiku, a następnie zwrócił się on ku Chinom i wszedł do Mandżurii, co wywołało powszechne zaniepokojenie. W wyniku kryzysu oraz nałożonych zachodnich ceł, kontrolę nad rządem przejęli wkrótce totalitarni militaryści. Pod koniec lat 30. XX wieku demokracje Zachodu i Cesarstwo Japonii znalazły się na kursie kolizyjnym.

Gdy w Stanach Zjednoczonych rosło oburzenie z powodu doniesień o japońskich „zbrodniach” w Chinach, zajęciu przez Japonię Indochin po tym, jak nazistowskie Niemcy pokonały Francję, a także starciach Japończyków z Rosją w Mandżurii, nie trzeba było długo czekać na dołączenie kraju do II wojny światowej. Cesarstwo rozpoczęło swój udział od zaatakowania właśnie Stanów Zjednoczonych, a także Imperium Brytyjskiego w 1941 r. Po początkowych sukcesach przyszła jednak klęska: Japonia przegrała wojnę na Pacyfiku zakończoną uderzeniami atomowymi w sierpniu 1945. Pod rozpoczętą po tych wydarzeniach amerykańską okupacją kraj odrodził się mimo wszystko niczym hou-ou (japoński feniks) i stał się jednym z liderów światowej gospodarki, technologii oraz kultury.