Macedonia Aleksandra Wielkiego to jedyna cywilizacja zdolna do prowadzenia nieprzerwanej wojny przez cały okres rozgrywki. Dzięki brakowi zmęczenia wojną, zdolności uczenia się dzięki przejmowanym kulturom i leczeniu przy przejmowaniu cudów Aleksander może kontynuować swój marsz ku krańcom świata.

Armia epoki klasycznej Aleksandra to jeden z najstraszliwszych przeciwników, na jakich można się natknąć w grze. Dysponująca hetajrami i hypaspistami Macedonia to jedna z niewielu cywilizacji z dwiema unikalnymi jednostkami aktywnymi w tym samym czasie. Dodatkowo, gdy jej jednostki przechodzą szkolenie w Basilikoi Paides, Macedonia rozwija technologię bez konieczności tracenia czasu na budowę kampusu. Kolejne postępy technologiczne Macedonia zyskuje na polu bitwy, przejmując wrogie miasta z kampusami oraz dzielnicami wojskowymi, świątynnymi i kulturalnymi. Dzięki brakowi zmęczenia wojną i zdolności leczenia obrażeń przy przejmowaniu miast z cudami Aleksander może prowadzić nieustanną kampanię mającą na celu podbicie całego świata.

Aleksander Wielki jest niewątpliwie jednym z największych wodzów w historii. W ciągu 12 krótkich lat poprowadził swą armię w zwycięskim marszu przez Europę, Azję, Afrykę i Bliski Wschód, podbijając praktycznie każdą cywilizację, którą napotkał, nim zmarł w wieku 32 lat. Jego generałowie podzielili imperium pomiędzy siebie i wkrótce zaczęło dochodzić między nimi do konfliktów o kolejne kawałki coraz mniejszego tortu.

Aleksander III Macedoński urodził się w 356 r. p.n.e. jako syn króla Filipa II, niezwykle sprawnego władcy, który przywrócił świetność chylącemu się ku upadkowi królestwu. Filipowi udało się podbić Ateny, Ilirię i Trację – trzy potęgi, które kilka lat wcześniej niemal zawojowały Macedonię. Aleksander, jako syn najpotężniejszego władcy „cywilizowanego” świata, otrzymał wszystko, co najlepsze – w tym również wykształcenie. Nauczycielem młodego księcia był sam Arystoteles, jeden z największych filozofów okresu hellenistycznego.

Aleksandrowi od dziecka zapewnianemu przez matkę Olimpias, że jest potomkiem Herkulesa i Achillesa, nigdy nie brakowało pewności siebie. Prawda jest taka, że już w dzieciństwie jego ego było większe niż imperium, które udało mu się później zbudować. Gdy zajęty podbojem Bizancjum Filip powierzył synowi regencję nad Macedonią, 14-letni Aleksander stłumił powstanie w Tracji, wypędził pokonanych buntowników z ich miasta, zmienił jego nazwę na Aleksandropolis (było to jedno z pierwszych miast, które nazwał swym imieniem) i zasiedlił je greckimi kolonistami. Dwa lata później dowodził lewym skrzydłem armii ojca podczas bitwy pod Cheroneą, w której wojska Filipa pokonały sojusz greckich polis i podporządkowały całą Grecję Macedonii.

W następnym roku mogło się wydawać, że szczęście opuściło Aleksandra. Król Filip rozwiódł się z matką księcia i poślubił Kleopatrę Eurydykę, zmuszając byłą żonę i syna do ucieczki z Macedonii. Podczas gdy Olimpias szukała schronienia u swego brata, króla Epirusu, Aleksander ukrył się w Ilirii. Choć ojciec i syn ostatecznie doszli do porozumienia, to narodziny kolejnego syna Filipa mogły zagrozić pozycji Aleksandra jako następcy króla.

Po zdobyciu Grecji i Bałkanów król Filip rozbudowywał armię, by przeprowadzić inwazję na Persję. Jednakże w roku 336 p.n.e, podczas ślubu swej córki, został zamordowany przez kapitana straży przybocznej, Pauzaniasza. Olimpias lub nawet sam Aleksander mogli stać za tym zamachem, ale Pauzaniasz zginął podczas akcji, uniemożliwiając tym samym pozyskanie od niego jakichkolwiek dowodów. W tym samym roku macedońska armia i arystokracja ogłosiły dwudziestoletniego Aleksandra królem Macedonii.

Młody król uczcił swój sukces, mordując wszystkich potencjalnych rywali, a następnie wrócił do planów inwazji na Persję rozpoczętych przez ojca. Choć ich realizację opóźniły nieznacznie rewolty na Bałkanach, to w 334 r. p.n.e. Aleksander i jego armia przeprawili się przez Hellespont i wkroczyli do Azji. Na jego siły składało się około 48 tysięcy piechurów i 6 tysięcy konnych – była to ogromna jak na tamte czasy armia, której towarzyszyły zastępy inżynierów, geodetów, naukowców, a nawet historyków mających za zadanie upamiętnianie wyczynów Aleksandra dla potomności. Na polu bitwy Aleksander odnosił oszałamiające sukcesy, raz za razem rozbijając przeważające siły najlepszych perskich generałów.

Wspaniałe osiągnięcia Aleksandra można przypisać jego geniuszowi militarnemu, wyszkoleniu wojska, świetnemu wyposażeniu i morale żołnierzy, którzy święcie wierzyli, że ich przywódca jest niezwyciężony. Powszechną wiarę w nadprzyrodzone zdolności przywódcy utwierdzały jego niesamowite szczęście oraz własne twierdzenia o pokrewieństwie z bogami. Często osobiście prowadził elitarnych hetajrów w sam środek bitewnej zawieruchy i choć wielokrotnie odnosił rany, to żadna z nich nigdy nie osłabiła jego bitewnego zapału.

Po zabezpieczeniu kapitulacji większości prowincji Persji Aleksander pomaszerował na południe, podbijając Syrię, wybrzeże Lewantu i wreszcie Egipt. Następnie wrócił do Persji, podbijając Babilon oraz niszcząc resztki perskiego oporu w bitwie pod Gaugamelą. Zamiast ścigać perskiego króla Dariusza III, który uciekł z pola bitwy, Aleksander złupił skarbiec Suzy. Potem zdobył starożytną stolicę Persji, Persepolis, i pozwolił swoim ludziom plądrować ją przez kilka dni. Aleksander pozostał w Persepolis przez pięć miesięcy, po czym (podobno przypadkiem) miasto spłonęło.

Opuściwszy Persepolis, Aleksander wrócił do przerwanej kampanii, ścigając Dariusza i jego rozbitą armię do Medii, a następnie do Partii. Dariusz trafił do niewoli własnego satrapy, Bessusa, który zabił go, po czym wycofał się w góry, by prowadzić działania partyzanckie przeciwko Grekom. W 329 r. p.n.e. Bessus także padł ofiarą zdrady – jego ludzie wydali go greckiemu generałowi Ptolemeuszowi, który pozbawił go życia. Najwyraźniej Aleksander był zbyt zajęty walką ze Scytami w bitwie nad Jaksartesem, by przejmować się ściganiem perskiego królobójcy. Jeśli zaś chodzi o Scytów, ich przywódcę Spitamenesa zabiło jego własne plemię, po czym zwróciło się do Aleksandra z błaganiem o pokój.

Aleksander i jego powoli topniejąca armia przebyli Medię, Partię, Arię, Baktrię (współczesny Afganistan), Dranganię i Scytię. Młody król poślubił baktryjską księżniczkę Roksanę, by zjednać sobie wschodnie krańce dawnego Imperium Perskiego. Wkrótce Aleksander postanowił podbić kontynent indyjski, którego bogactwa miały przewyższać skarby Persji. Starł się w końcu z wielkim królem indyjskim, Porusem. Na początku walki siły były bardzo wyrównane i gdy Aleksandrowi udało się wreszcie przechylić szalę zwycięstwa na swoja stronę, okupił to tak wielkimi stratami, że pozostali przy życiu żołnierze wybłagali u niego zakończenie kampanii i powrót do rodzin.

Aleksander wrócił do rządów nad swym imperium ze zdobytego miasta Babilonu. Najwyraźniej zajęcie to zaczęło go nudzić: „gdy Aleksander zobaczył bezkres swego imperium, zapłakał, gdyż zabrakło świata, który mógłby podbić”.

W Babilonie zaczął się upadek Aleksandra. Władca nadużywał alkoholu i oddawał się rozpuście (a w Babilonie nie brakowało ku temu okazji). Nękały go napady szału i paranoi. W czerwcu 323 r. p.n.e. zmarł wyniszczony licznymi ekscesami.