Kubilai Khan, à la différence de son grand-père, se concentre sur l'établissement de routes commerciales, et profite des Eurêka ! et inspirations qui les accompagnent pour viser une victoire scientifique.

Profitant d'un emplacement de doctrine économique supplémentaire, Kubilai Khan est bien placé pour différentes victoires. Mais attention, ses routes commerciales sont essentielles, il devra donc faire attention avant de partir en guerre. Kubilai Khan cherche constamment de nouveaux amis, puisqu'il reçoit des Eurêka ! et des inspirations au premier comptoir commercial établi dans une civilisation étrangère, qui pourront lui permettre d'obtenir une victoire scientifique ou culturelle.

S'il y a bien quelqu'un qui pouvait poursuivre l'empire mongol et réussir à l'unifier, c'est le petit-fils de Gengis Khan. Kubilai Khan a ainsi régné de 1260 à 1294 et créé un empire qui s'étendait de la péninsule coréenne jusqu'aux confins de la Bagdad actuelle.

Quatrième fils de Tolui, Kubilai est né en 1215. Dès sa plus tendre enfance, il se distingua comme cavalier émérite et guerrier exceptionnel. Adolescent, il accompagnait son père lors de ses campagnes militaires, et se forgea une réputation de combattant respecté. Kubilai prit également le temps de s'instruire, notamment pour connaître la culture chinoise, un atout de taille pour ce futur empereur de la dynastie Yuan.

Après la mort de son père, Kubilai veilla sur sa succession. Le titre de Grand Khan fut échu à son frère aîné, Mongke. Dans les premiers temps, Kubilai soutint le règne de son frère, et sa fidélité fut récompensée par le titre de "Ilkhan", c'est à dire vice-roi. Il apprit beaucoup à son contact, développa des alliances, s'entoura de conseillers, et combattit sur le champ de bataille lorsque cela était nécessaire. Mais après la mort de Mongke en 1259, Kubilai n'eut pas d'autre choix que d'affronter son plus jeune frère, Ariq Boqa, bien plus impatient que lui, afin de conquérir le titre de Grand Khan. En dépit de la popularité d'Ariq Boqa, Kubilai disposait de plus de ressources et du soutien de plusieurs princes dans toute l'Asie centrale, ce qui lui donna l'avantage pour récupérer le titre convoité.

Mais être le "Grand Khan" ne suffisait pas, Kubilai voulait plus. En prenant du recul sur la situation, Kubilai s'aperçut que l'empire était divisé (les vestiges de l'héritage de son grand-père) et il voulut à nouveau réunir ce grand territoire, et même aller plus loin. Son regard se porta sur la Chine.

La première incursion en Chine nécessita cinq années, mais Kubilai parvint à prendre régulièrement des cités chinoises, à commencer par Hsiang-yang et Fan-ch'eng, avant de poursuivre par la capitale de la dynastie Song, Lin'an, en 1276. Il fit preuve de clémence et épargna l'empereur (alors enfant) et sa mère, qui demeurèrent prisonniers politiques au sein de la cour. En 1278, Kubilai atteint son but et fut déclaré empereur après avoir vaincu le dernier prince qui lui résistait, au cours d'une bataille navale décisive. Il devint ainsi le premier Mongol à régner sur toute la Chine, fondant la dynastie Yuan dont il était le premier monarque.

De manière stratégique, Kubilai embrassa le style traditionnel des empereurs chinois. Plutôt que d'imposer à ses nouveaux sujets les coutumes mongoles, il les faisait passer discrètement, en douceur. Bien sûr, les Mongols gardaient le contrôle du pouvoir, notamment au sein du gouvernement, mais ses nouveaux sujets n'étaient pas pour autant écrasés. Les marchands, les artisans, et l'aristocratie d'Asie centrale et de Mongolie avaient toute leur place dans ce nouvel empire. Les Han furent relégués aux classes moyennes et inférieures, et on leur interdit de devenir fonctionnaires. Certains purent cependant obtenir une position dans l'administration, notamment ceux qui avaient reçu une éducation. Kubilai tolérait les autres religions et promouvait les idéaux de Confucius. Il régna en créant un type de gouvernance plus proche de ce que connaissaient déjà les Chinois, préférant s'éloigner de la royauté mongole classique.

Sous l'impulsion de Kubilai, il y eut plusieurs changements économiques et sociaux. Il développa l'utilisation du papier monnaie pour les transactions et encouragea le commerce avec l'Occident, notamment avec les missionnaires (il était en contact direct avec le pape Grégoire X). Kubilai connaissait également le fils de Niccolo Polo, Marco. Marco Polo fait grand cas de Kubilai dans ses écrits, et les deux hommes entretinrent une relation privilégiée pendant au moins dix-sept ans. Sous son règne, les marchands et les artisans bénéficièrent d'avantages fiscaux, en partie parce que Kubilai appréciait beaucoup la porcelaine fine créée en Chine. Sous sa férule, l'économie devint prospère, notamment grâce aux Mongols qui contrôlaient et protégeaient les routes commerciales.

Kubilai était certes populaire dans l'ensemble, et perçu comme un empereur éclairé, mais tout le monde ne partageait pas ses vues ni sa politique. Les Hans, citoyens chinois, n'appréciaient pas vraiment la nouvelle société dessinée par l'empereur, ni les nouveaux impôts qui l'accompagnaient. Le cousin de Kubilai, Qaïdu, apparut pendant le règne de l'empereur comme une menace constante. Qaïdu ne parvint jamais à renverser le Grand Khan et empereur.

Durant son règne en tant qu'empereur, Kubilai continua d'étendre son vaste empire. Certaines régions se soumettaient rapidement, mais d'autres résistaient farouchement. Il tenta deux fois d'envahir le Japon, mais les deux invasions échouèrent, à cause de la supériorité des forces navales japonaises ou bien de tempêtes particulièrement opportunes, le fameux "vent divin", ou "kamikaze".

Le règne productif de Kubilai s'acheva après trente-quatre années et l'empereur mourut en 1294. La perte de son épouse favorite et de son fils aîné le plongea dans une dépression, et il vécut jusqu'à soixante-dix-neuf ans.