Según cuenta la leyenda, la fundación del Reino del Congo fue producto de los conflictos en el gran (aunque no rico) reino tribal de Mpemba Kasi alrededor del valle del Kwilu. Se dice que, en algún momento de debilidad, el reino de Mpemba Kasi forjó una alianza con sus belicosos vecinos de Mbata y ambos terminaron conquistando el reino de Mwene Kabunga, situado en una meseta al sur. El guerrero Nimi a Lukeni unificó estos territorios y estableció la capital en M'banza Kongo, la aldea de la montaña. Así nació el Reino del Congo en el año 1390, que en su apogeo controlaba un territorio que se extendía desde la costa media-atlántica de África al río Kwango, y desde Pointe Noire, al norte, hasta el río Loje, al sur.

Nimi fue su primer manicongo (rey). Tras su muerte, su hermano Mbokani M’vinga asumió el poder. Mbokani conquistó el reino vecino de Loango y otros territorios, tuvo dos esposas y nueve hijos y su linaje gobernaría durante el resto del periodo de independencia del Congo. También inició la política de conceder el gobierno de las provincias a sus familiares, pero con el paso del tiempo las provincias perderían influencia y este poder se volvería más simbólico que real. Así, en 1620, el antaño orgulloso e independiente reino de Mbata era conocido como el "abuelo del rey del Congo".

Durante todo este periodo, el trono se financió a través de impuestos y trabajos forzados, y también exigía tributos a otros reinos y ciudades de la región; para financiar el ejército, el manicongo vendía esclavos, cobre y marfil a los europeos que empezaban a llegar a las costas africanas. A finales del siglo XVI, M'banza Kongo se había convertido en una de las ciudades más ricas de África, y el reino siguió creciendo gracias a las lanzas de los guerreros bantúes. Cuando llegaron los europeos, el manicongo controlaba seis provincias (Mpemba, Mbata, Nsundi, Mpanga, Mvemba y Soyo) y cuatro reinos vasallos (Loango, Cacongo, Ngoye y Ndongo). Según los registros históricos, en una semana el rey era capaz de desplegar un ejército de 300 000 disciplinados guerreros (hombres y mujeres).

Una quinta parte (unas 100 000 personas) de la población del Congo estaba concentrada en la capital, M’banza, y este crecimiento urbano permitió hacer acopio de alimentos, recursos y mano de obra a la entera disposición del manicongo. La ciudad también se convirtió en el centro de una amplia red comercial; además de exportar materias primas como marfil y cobre, las familias de artesanos del reino elaboraban cerámicas, prendas de rafia y artículos de cobre y otros metales.

En 1483, el explorador portugués Diego Cao llegó al Reino del Congo mientras navegaba el "desconocido" río Congo. Tras dejar allí a parte de su tripulación en calidad de "invitados", regresó a Portugal con varios mandatarios del Congo y el rey portugués le concedió el título de caballero por las molestias. Fiel a su palabra, en 1485 Cao volvió con los nobles. Por esas fechas, el manicongo Nzinga Mvemba se convirtió al cristianismo. En 1491, Cao regresó con un sacerdote católico que bautizó a Nzinga y a algunos de sus nobles. El manicongo adoptó el nombre cristiano de "João" en honor al rey del país luso. Los misioneros portugueses construyeron una escuela de estilo portugués en M’banza.

João I (antes Nzinga) fue sucedido en el trono por su hijo, Afonso I (antes Mvemba a Nzinga). A diferencia de su padre, que no era muy practicante, Afonso era muy devoto y quiso llevar la fe católica a sus súbditos. Con asesores portugueses y eclesiásticos dentro de su círculo más cercano, intentó sin éxito unificar la religión cristiana y la nativa, pero logró construir una red de escuelas e iglesias católicas con fondos de las arcas reales. Al no disponer de muchos clérigos que hablasen la lengua nativa, varios jóvenes pertenecientes a la nobleza fueron enviados a Europa para estudiar teología; tras dedicar siete años de su vida al aprendizaje de las escrituras sagradas, un hijo de Alfonso fue nombrado obispo de Útica y vicario apostólico del Congo.

Toda esta caridad cristiana no tardaría en verse empañada por el aumento del comercio de esclavos y la avaricia de los portugueses. En las décadas posteriores a la llegada de Cao, los territorios exteriores del Reino del Congo se convirtieron en el principal centro de abastecimiento del tráfico de esclavos. Aunque antes de la llegada de los europeos ya existía la esclavitud en el Congo y los mercados de esclavos estaban en auge, los portugueses iniciaron un comercio de esclavos "al por mayor", en su mayoría con destino al Caribe y Brasil. Aunque resultaba muy rentable, y era un buen modo de librarse de los prisioneros de los conflictos que libraba el reino en sus fronteras, los mandatarios posteriores empezaron a sospechar que muchos de sus súbditos eran esclavizados "ilegalmente" (cuando no había suficientes prisioneros de guerra). Como consecuencia, el reino se desestabilizó, lo que propició que la administración del comercio se organizase y se establecieron comités reales para impedir las exportaciones ilegales. A los esclavos legales se les bautizaba antes de ser embarcados, así que al menos sus almas estaban salvadas.

El final del Reino del Congo no llegaría por culpa del cristianismo o de la esclavitud, sino por los conflictos sucesorios; los primos, tíos, hermanos e hijos del manicongo gobernaban las provincias, y vasallos como Mbokani disponían de decretos. Todos los aspirantes al trono contaban con su propio ejército y cada vez que un rey fallecía estallaba una guerra civil. En 1568, los jagas (bandas de guerreros invasores) ocuparon la capital; Nimi a Lukeni, o Álvaro I para los católicos, reconquistó la ciudad con la ayuda de los portugueses y fue coronado rey. A cambio de esa ayuda, el nuevo rey concedió a Portugal la colonia de Luanda (que se convertiría en Angola). No fue una decisión muy acertada, pues los portugueses no tardarían en interferir en los asuntos internos del Congo.

Ante la inminente oleada de progreso, Álvaro I, fundador de la dinastía Kwilu, y su hijo Álvaro II intentaron occidentalizar el reino (por agradar a los europeos o por evitar lo inevitable) con una serie de cambios en su mayoría superficiales. Álvaro I adaptó los títulos nobiliarios al estilo europeo (Mwene Nsundi pasó a ser el "duque de Nsundi") y su hijo rebautizó la capital como São Salvador. En 1596, un grupo de emisarios congoleños convencieron al papa para que reconociese la ciudad como el centro de una nueva diócesis que incluía al Congo y Angola, pero el rey de Portugal persuadió al Santo Padre (sin duda mediante un "donativo") para que le concediese el derecho de nombrar a los obispos de la ciudad.

Las relaciones entre Angola y el Congo se deterioraron, y empeoraron más con la invasión del sur del Congo por parte del gobernador colonial de Angola en 1622. El malestar se agravó cuando algunos "duques" provinciales empezaron a alcanzar sus propios acuerdos militares y comerciales (como el tráfico de esclavos) con los portugueses. Dos décadas después, el manicongo Nkanga a Lukeni (Garcia II) se alió con los holandeses frente a los portugueses cuando los primeros invadieron parte de Angola en 1641. Pero los holandeses llevaron a cabo una "retirada estratégica" en 1648 y dejaron al manicongo en la estacada. En octubre de 1665, los conflictos fronterizos entre el Congo y Portugal por el dominio del estado de Ambuila, un territorio no muy grande que sirvió de excusa para el enfrentamiento, dieron lugar a la batalla de Ambuila.

En ella, una fuerza de mosqueteros y cañones ligeros portugueses derrotó al ejército indígena del manicongo, que sufrió más de 5000 bajas, entre ellas la del rey. Tras la batalla, dos ramas de la familia real, la Kimpanza y la Kinlaza, se disputaron la corona en una guerra civil que se prolongaría hasta el siglo siguiente y devastaría el país. Durante el conflicto, miles de prisioneros congoleños fueron vendidos a traficantes de esclavos de ambos bandos. La capital fue saqueada varias veces y en 1696 quedó abandonada en su mayoría. Finalmente, Pedro IV de Kibangu interfirió para que los nobles supervivientes (no es que quedaran muchos) alcanzasen un acuerdo y se turnasen en el poder. Y la paz volvió... más o menos.

La abandonada capital de M’banza volvió a ser ocupada, con el apoyo de los portugueses, por la profeta cristiana indígena Beatriz Kimpa Vita y sus seguidores, los antonianos, en 1705. Los antonianos pretendían crear un nuevo reino cristiano en el Congo bajo el amparo de Dios. Sin embargo, esto no llegó a ocurrir, pues el rey Pedro IV, que reinó entre 1696 y 1718, capturó y condenó a muerte a Beatriz por hereje, tomó la capital y, en 1709, reinstauró la "independencia" del Congo.

Aunque el sistema de reinado por turnos trajo un periodo de cierta paz durante los siglos XVIII y XIX, de vez en cuando se producían algunos enfrentamientos dinásticos. Algunos artistas congoleños empezaron a crear crucifijos con un Jesucristo de raza negra, y así muchos escépticos se convirtieron al catolicismo; la religión adquirió tal importancia en el país que nadie ponía en duda la leyenda que aseguraba que los ángeles habían reconstruido de la noche a la mañana la catedral en ruinas de São Salvador. En 1836, muy presionados por los británicos, los portugueses abolieron el tráfico de esclavos.

Fue otro conflicto dinástico el que supuso el fin del Reino del Congo. Tras la muerte de Henrique II, dos facciones del clan Kinlaza se disputaron el trono. Con la ayuda de las tropas portuguesas, Pedro Lelo obtuvo la victoria. Y como todos los pactos con el demonio tienen un precio, en 1857, Pedro V firmaba un tratado de vasallaje con Portugal y juraba lealtad al trono luso. Un año después, los portugueses construyeron un fuerte para sus tropas en São Salvador con la intención de dejar claro que ellos estaban al mando. El país africano no volvería a ser independiente hasta 1960, cuando se instauró la República del Congo.