葡萄牙致力于走遍世界，借助其海岸资源和航海探索优势来建立以海洋运输为基础的贸易帝国。

要用葡萄牙取得胜利，就必须建立庞大的贸易网络，并充分利用海岸单元格。需要注意的是，对葡萄牙而言，国际 贸易路线只能通过水路建立，因此若昂三世需要尽量在海岸上建立城市，以便将潜在的贸易站点最大化。另外，海岸城市可以充分利用航海学校，在生产航海单位时获得更高 生产力、从海岸和湖泊单元格获得更多 科技值，并获得更多 海军统帅点数。葡萄牙需要在游戏早期尽量探索地图，寻找特色基础设施“商站”（由葡萄牙特色单位“克拉克帆船”建造）的合适建造之处。葡萄牙可以利用贸易收益来追求任何胜利方式，但要避免舞刀弄枪，因为这些港口需要借助贸易才能兴旺发达！

若昂三世俗称“殖民者”，或被亲切地称为“虔诚者”。他在1521至1556年担任葡萄牙和阿尔加维国王。他是国王曼努埃尔一世和阿拉贡公主玛丽亚的长子，从出生起，家族就为他设计好了卓越的发展路线——有资深学者向他教授天文学、占星术、神学、法律和人文学科，12岁时他便开始进行自己的家族管理。经过数年实际工作后，他开始帮助父亲打理真正的皇室事务。

若昂三世原定在16岁完婚，迎娶他的堂妹奥地利公主埃莉诺；但父亲曼努埃尔一世介入，决定自己娶埃莉诺为妻。不难想象的是，若昂感觉自己遭到戏弄，并因此郁郁寡欢。而1521年若昂三世正式继位后，与奥地利公主凯瑟琳开始了一段政治联姻，而凯瑟琳恰好是前未婚妻埃莉诺的妹妹。

埋葬爱情之后，他选择投身宗教。其中最为显著的是，若昂对宗教的人文取向方面（如耶稣会）进行了赞助。而不那么光彩则是在若昂三世统治期间，宗教审讯也终于来到葡萄牙。显而易见的结果是，自由探索受到了压制，但同时也确保了葡萄牙没有出现新教运动。宗教审判旨在惩罚教会认为存在问题或亵渎神明的行为，其中包括巫术、重婚（可以参考与若昂三世同时代的英国国王亨利八世，他因为自己复杂的感情纠葛而与教会纷争不断）、反教会文学，以及非常规性行为。在教皇的首肯下，若昂三世任命自己的兄弟红衣主教恩里克为大审判官，并在葡萄牙境内各处建立分支裁判所。宗教审判的影响也渗入到了葡萄牙文化和日常生活的其他部分。这些举动也为若昂三世赢得了“虔诚者”的称号。

若昂三世不喜欢通过战争进行征服，而是经常利用外交手段并安排有利的政治婚姻。他的妹妹伊莎贝拉嫁给了西班牙国王和神圣罗马帝国皇帝查理五世；女儿玛丽亚·曼努埃拉嫁给了西班牙国王菲利普二世；儿子若昂·曼努埃尔王子迎娶了西班牙公主胡安娜，他们二人之子则是后来的国王塞巴斯蒂昂。这些联姻的结果都十分明显——葡萄牙构建了一个独立自主、且紧密联盟的伊比利亚半岛。

若昂三世发现庞大的葡萄牙帝国运作效率低下，充斥着债务和腐败。起初，他试图通过任命新总督来解决问题，认为更好的人会带来更好的结果，但问题却是出在整个国家体系上。而且，有时“被炒鱿鱼”的总督还拒绝离任。

若昂三世统治的真正影响在于贸易网络的扩张。葡萄牙在蒙巴萨、莫桑比克和非洲其他地区建立了戒备森严的贸易营“商站”；殖民了东南亚的帝汶和马鲁古群岛、南亚的果阿和斯里兰卡，并在东亚的长崎和澳门建立了贸易前哨站。此外，在若昂三世治下，巴西也成为了一个重要的殖民地。这些贸易网络将香料、糖、黄金、香水和丝绸运往世界各地。而令人不齿的是，若昂三世同样贩卖奴隶，这也促使刚果国王姆本巴·恩津加写了一封措辞严厉的书信，痛斥葡萄牙奴隶贩子的猖獗活动。

在统治末期，若昂三世难以选择王位继承人。在他与凯瑟琳所生的九个孩子中，仅有两人未夭折，但都先于父亲去世。1557年去世后，若昂三世的王位最终留给了孙子塞巴斯蒂昂。