Secondo la leggenda, la fondazione del regno chiamato Congo si può far risalire alle tribolazioni di un regno molto grande, ma non molto ricco: il regno tribale di Mpemba Kasi, vicino alla valle di Kwilu. Le storie narrano che a un certo punto il debole Mpemba Kasi strinse un'alleanza con il vicino regno militarista di Mbata, arrivando poi a conquistare il regno di Mwene Kabunga, situato su un altopiano a sud. Quando riunì tutti questi territori, il guerriero Nimi a Lukeni prese come capitale Mbanza Congo, il villaggio sulla montagna. Così intorno al 1390 d.C. nacque il Regno del Congo, che al suo apice avrebbe controllato un territorio che si estendeva dalla costa atlantica dell'Africa fino al fiume Kwango e da Pointe Noire a nord fino al fiume Loje a sud.

Il primo Manikongo ("re") fu, in modo non sorprendente, lo stesso Nimi. Quando morì il trono passò al fratello Mbokani M'vinga; avendo due mogli e nove figli, il suo fertile kanda avrebbe dato origine a una dinastia ininterrotta per tutta la durata del regno. Sotto il suo comando venne conquistato il vicino regno di Loango e altre nazioni minori. Manikongo Mbokani diede anche origine al costume di affidare ai parenti il governo delle province; col tempo, quest'impulso alla centralizzazione avrebbe fatto perdere importanza alle province finché il loro potere non divenne più simbolico che reale (così, nel 1620, il regno fiero e indipendente di Mbata si ridusse a essere conosciuto solo come "Nonno del Re del Congo".)

In tutto questo periodo il trono si finanziò attraverso le tasse, il lavoro forzato e i dazi; per mantenere l'esercito i Manikongo arrivarono a scambiare schiavi, rame e avorio con gli europei che avevano cominciato ad arrivare sulla costa. Inoltre il regno esigeva tributi dalle città e dalle nazioni vicine, cosa che verso la fine del Cinquecento fece di Mbanza Congo una delle città più ricche dell'Africa. Il regno continuò a espandersi grazie alle lance dei guerrieri Bantu. Quando arrivarono gli europei i Manikongo governavano sei province (Mpemba, Mbata, Nsundi, Mpanga, Mbemba e Soyo) e quattro regni vassalli (Loango, Cacongo, Ngoye e Ndongo). Secondo alcune fonti il re sarebbe stato in grado di mettere in campo 300.000 uomini ben addestrati e disciplinati nel giro di una settimana.

La popolazione del Congo era concentrata intorno alla capitale di Mbanza: ci vivevano circa 100.000 persone, ovvero un congolese su cinque. Questa densità permetteva di accumulare scorte di cibo, risorse e manodopera, sempre pronte nel caso il Manikongo chiamasse. Inoltre questo poneva la città al centro di un'estesa rete di scambi commerciali: oltre all'esportazione di materie prime come avorio e minerali metallici, le industriose famiglie del regno producevano manufatti in rame e altri metalli, tessuti di rafia e ceramiche.

Nel 1483 l'esploratore portoghese Diego Cao risalì il corso del fiume Congo e raggiunse l'omonimo regno. Dopo aver lasciato indietro alcuni dei suoi uomini come "ospiti", portò alcuni notabili congolesi in Portogallo, dove il re lo nominò "cavaleiro". Tenendo fede alla sua parola (un caso più unico che raro tra gli europei che avevano a che fare con i nativi), nel 1485 Cao riportò i nobili a casa. Più o meno in questo periodo il Manikongo Nzinga a Nkuwu si convertì al cristianesimo. Nel 1491 Cao tornò ancora una volta, questa volta portandosi dietro un prete cattolico che battezzò formalmente Nzinga e alcuni nobili. Il Manikongo prese il nome cristiano "João" in onore del re del Portogallo. Insieme al prete e ad altre persone, Cao riportò anche un nativo, che aprì una scuola in stile portoghese a Mbanza. La via era aperta per un'ulteriore, più approfondita colonizzazione culturale...

A João I, nato Nzinga, succedette il figlio Afonso I, nato Mvemba a Nzinga. Laddove il padre non aveva tenuto fede alla conversione, secondo tutti i resoconti (inclusi i suoi propri) Afonso era un devoto cattolico, ansioso di mostrare la luce ai sudditi. Dopo aver accettato nel circolo più ristretto dei suoi consiglieri degli inviati dal Portogallo e dalla Chiesa, Afonso cercò di creare una sintesi tra il cristianesimo e la fede tradizionale dei nativi. L'operazione non ebbe successo, ma gli permise comunque di stabilire una solida infrastruttura cattolica, usando la tesoreria reale per finanziare le scuole e le chiese... che i sudditi le volessero o no. Dal momento che c'era una grande carenza di sacerdoti, soprattutto in grado di parlare la lingua locale, diversi giovani nobili furono inviati in Europa per studiare religione: dopo sette anni di studi delle Sacre Scritture, uno dei figli di Afonso divenne vescovo (di Utica, all'estremo nord del regno) e vicario apostolico del Congo.

Tutta questa carità cristiana, comunque, fu ben presto inficiata dal commercio degli schiavi e dall'avidità dei portoghesi. Nei decenni successivi all'arrivo di Cao, infatti, le regioni periferiche del regno divennero una fonte primaria di approvvigionamento per la tratta di carne umana dei portoghesi. Ovviamente l'istituto della schiavitù esisteva già in Congo molto prima dell'arrivo degli europei, e i mercanti congolesi facevano affari da tempo, ma i portoghesi diedero il via a una specie di "corsa allo schiavismo", trasportando sempre più persone verso i Caraibi e il Brasile. L'affare era immensamente redditizio, nonché un ottimo modo per liberarsi dei prigionieri catturati nei costanti conflitti lungo i confini meridionali e orientali, ma i monarchi cominciarono a sospettare che, quando c'era carenza di prigionieri freschi, molti dei loro stessi sudditi venissero ridotti in schiavitù e deportati "illegalmente". Questo cominciava ad avere un effetto destabilizzante sul regno. Così venne creata un'organizzazione per supervisionare la tratta umana, con comitati reali incaricati di verificare le operazioni e impedire "esportazioni" non autorizzate. Gli schiavi legali venivano battezzati dai preti portoghesi prima di salpare, così almeno le loro anime sarebbero state salve.

Ma non furono il cristianesimo o lo schiavismo a far crollare il regno, bensì le sanguinose dispute sulla successione al trono. Dal momento che a governare le province e gli stati vassalli c'erano cugini, zii, fratelli e figli del Manikongo, come aveva decretato Mbokani, ogni volta che un re moriva scoppiava inevitabilmente una guerra civile a cui ogni pretendente contribuiva con il suo piccolo esercito. In conseguenza di tutto ciò, nel 1568 la capitale fu catturata dagli Jagas, invasori venuti dall'est o forse sudditi rivoltosi (le fonti non sono concordi). Nimi a Lukeni, o Álvaro I come lo chiamavano i cattolici, riprese la città e fu eletto re. Ma per far questo aveva dovuto chiedere armi e assistenza ai portoghesi, concedendo alla corona la regione di Luanda come colonia (che poi sarebbe diventata l'Angola). Fu una pessima decisione, perché ben presto i portoghesi cominciarono a interferire negli affari interni del Congo.

Álvaro, fondatore della dinastia Kwilu, e il figlio Álvaro II capirono che la marea del progresso era inarrestabile e cercarono di "occidentalizzare" il regno. Forse cercavano di rendersi più accettabili agli europei, o semplicemente di sfuggire all'inevitabile: in ogni caso, i loro sforzi furono vani. Álvaro introdusse titoli in stile europeo (così Mwene Nsundi divenne il "Duca di Nsundi"), mentre suo figlio ribattezzò la capitale São Salvador. Nel 1596 gli emissari congolesi convinsero il papa a riconoscere la città come sede di una nuova diocesi che avrebbe incluso Congo e Angola; ma il re del Portogallo lo superò in astuzia, persuadendo il pontefice (senza dubbio con appropriate "donazioni") a concedergli il diritto di nominare i vescovi della nuova sede.

Le relazioni tra Angola e Congo si guastarono, peggiorando ancora (se possibile) quando nel 1622 il governatore coloniale dell'Angola invase, ancorché per breve tempo, il Congo meridionale. La situazione degenerò ulteriormente mentre il regno si divideva in fazioni: alcuni "duchi" strinsero accordi autonomi con i portoghesi, sia militari sia commerciali (riguardanti cioè lo schiavismo). Un paio di decenni dopo, nel 1641, Manikongo Nkanga a Lukeni (Garcia II) si schierò con gli olandesi contro i portoghesi quando i primi si impadronirono di parte dell'Angola. Ma gli olandesi eseguirono una "ritirata strategica" nel 1648, lasciando il Manikongo a vedersela da solo. La disputa sul possesso del distretto di Mbwila causò una serie di scaramucce fra Congo e Portogallo; non si trattava di una regione importante, ma nessuna delle due parti doveva farsi pregare per combattere. Questo portò nell'ottobre del 1665 alla battaglia di Mbwila (o Ambuila o Ulanga, a seconda di chi scrive).

Un esercito di soldati portoghesi armati di moschetti e cannoni leggeri inflisse una sconfitta decisiva all'armata del Manikongo; tra i nativi si contarono più di 5000 vittime, incluso il re. Dopo la battaglia le fazioni Kimpanza e Kinlaza, due rami della famiglia reale, si disputarono la corona. La guerra civile si trascinò fino al secolo successivo, mentre migliaia di prigionieri congolesi venivano venduti agli schiavisti dall'una e dall'altra parte. La stessa capitale fu saccheggiata diverse volte, tanto che nel 1696 era ormai praticamente abbandonata. Finalmente Pedro IV di Kibangu escogitò un metodo in grado di mettere d'accordo i nobili sopravvissuti (non ne erano rimasti molti): il trono sarebbe stato assegnato a rotazione fra tutti. Così il paese poté ritornare a una specie di pace.

Nel 1705 la capitale abbandonata di Mbanza fu occupata nuovamente da una profetessa cristiana nativa supportata dai portoghesi, Beatriz Kimpa Vita, insieme ai suoi seguaci, gli Antoniani (da Sant'Antonio). Scopo di questi ultimi era la creazione di un nuovo regno cristiano del Congo sotto la protezione diretta di Dio. Ma le cose non andarono così, visto che il re Pedro IV (il cui regno durò dal 1696 al 1718) catturò, processò e mise a morte Beatriz come eretica, rioccupando la capitale. Nel 1709 il Congo tornò a essere un regno "indipendente".

Sebbene il sistema di governo "a rotazione" riuscisse a mantenere il paese in relativa pace, non mancarono occasionali dispute dinastiche. A parte questo, nel XVIII e XIX secolo le cose andarono piuttosto bene. Gli artisti congolesi cominciarono a realizzare crocifissi in cui Cristo era nero, un concetto che convinse anche gli ultimi scettici: la nazione divenne così religiosa che una diceria popolare secondo cui la cattedrale distrutta di São Salvador era stata ricostruita dagli angeli in una notte sola fu accettata senza discussioni. Nel 1836 i portoghesi abolirono il commercio degli schiavi a seguito della forte pressione degli inglesi.

Alla fine, fu l'ennesima lotta per la successione a segnare la fine del regno del Congo. Nel 1856, alla morte di Henrique II, due fazioni del clan Kinlaza si disputarono il trono. Pedro Lelo ne uscì vittorioso, ma dovette ricorrere all'aiuto di truppe portoghesi. Ogni patto col diavolo ha un prezzo: nel 1857 Pedro V firmò un trattato di vassallaggio, giurando fedeltà alla nazione europea. L'anno dopo il Portogallo costruì un forte a São Salvador in cui stanziare una guarnigione, tanto per chiarire chi fosse effettivamente al comando. La nazione africana non sarebbe più stata indipendente fino al 1960, anno di fondazione della Repubblica del Congo.