亞歷山大的馬其頓是在遊戲全程隨時準備開戰和持續作戰的文明。不但沒有厭戰情緒，還有著從佔領文化中學習，以及從佔領奇觀獲得單位治癒的能力，借此亞歷山大便能夠踏上無盡征途，一路征戰到世界盡頭。

古典時代的亞歷山大軍隊是最駭人的對手之一。馬其頓擁有禁衛騎兵和持盾衛隊兩個特色單位，是極少數在同一時代擁有兩個特色單位的文明。如果在王室扈從學院中訓練單位，馬其頓便能獲得科技上進展，而無需在發展學院上花費時間。佔領擁有學院、營地、聖地或劇院廣場的城市後，他們便能獲得進一步的科技發展。馬其頓沒有厭戰情緒減益，佔領擁有奇觀的城市時能夠恢復體力值。因此亞歷山大能夠四方征討，讓全世界臣服在馬其頓人腳下。

亞歷山大大帝無疑是史上最強大的軍閥之一。短短12年間，他麾下的大軍在歐亞非三洲和中東取得了連場大捷，征服了每個途經的文明，然而卻在32歲英年早逝。他死後，亞歷山大旗下的將領自行瓜分了亞歷山大帝國，並且很快地開始自相殘殺，爭奪日趨減少的帝國領土。

馬其頓的亞歷山大三世於西元前356年出生，其父腓力二世是將馬其頓王國從亡國的鬼門關前拉回的千古明君。腓力二世帶領人民走上連番勝戰的征途，征服了雅典、伊利里亞和色雷斯這三個曾差點將馬其頓瓜分的國家。身為「文明」世界中最強王朝的子嗣，亞歷山大獲得了一切頂尖的待遇，包括教育。古希臘時期最偉大的哲學家亞里斯多德便曾受聘教導這位年輕的王子。

在母親奧林匹亞絲的教導下，亞歷山大深信著自己是赫拉克勒斯和阿基里斯的後裔，因此極度自信，而這還只是用來含蓄地表達他有著比自己所征服的帝國更大的自負而已。腓力二世出戰拜占庭城邦時留下亞歷山大代替他統治馬其頓，而年僅14歲的亞歷山大則成功粉碎了色雷斯人的叛亂、建立了亞歷山德魯波利斯城（這不會是亞歷山大最後一次以自己的名字為新城市命名），並和希臘人了結了恩怨。兩年之後，他在喀羅尼亞戰役戰役中負責統率馬其頓的左軍，協助腓力二世的大軍擊敗了希臘城邦的聯軍，征服了全希臘。

然而在隔年，亞歷山大的好運似乎背棄了他。腓力二世與亞歷山大的母親奧林匹亞絲離婚，隨後迎娶了克婁巴特拉·歐律狄刻。這對孤兒寡母只得逃離馬其頓。奧林匹亞絲回到伊庇魯斯的娘家，亞歷山大則前往伊利里亞躲藏。儘管這對父子之後和解，但如果腓力二世有了其他子嗣，亞歷山大的繼承權便會受到極大挑戰。

征服了希臘和巴爾幹半島後，腓力二世再度揮軍入侵波斯。但在西元前336年，腓力二世在參加女兒婚禮時被禁衛軍隊長保薩尼阿斯所刺殺（亞歷山大和母親奧林匹亞絲都可能是刺殺背後的主使者，但由於保薩尼阿斯在刺殺之後便死在當場，實在沒有任何確切的證據能夠證明）。西元前336年，在馬其頓軍隊和貴族的擁護下，20歲的亞歷山大即位成為馬其頓國王。

為了慶祝勝利，年輕的亞歷山大國王殺掉了其他威脅其王位的對手，並接續了父親入侵波斯的計畫。儘管在西元前334年短暫受到巴爾幹半島中數場動亂的牽制，亞歷山大的大軍最終還是跨越了達達尼爾海峽進入亞洲。他的軍隊由48000名步兵和6000名騎兵所組成，這在當時算是十分強大的大軍，除此之外還有工程師、測量師和科學家隨行，甚至還有史官負責記載流傳後世的無敵傳說。在戰場上，亞歷山大對波斯的攻勢可說是無往不利，不但接連擊敗了多名波斯大將，還時常在兵力相差懸殊的情況下贏得勝仗。

亞歷山大的成就歸因於他的軍事天才、麾下士兵的精良訓練與裝備，以及因攻無不克而激發出的信念與士氣。當時士兵間廣為流傳著各種神乎其神的傳言，認為亞歷山大是受到眾神眷顧的凡人。亞歷山大也時常帶著他的精銳「禁衛騎兵」衝入敵陣中心，在從軍生涯中受過大大小小危及性命的創傷，然而這些都無法抵擋他在軍事上的熱忱。

讓波斯的多數領土臣服於腳下後，亞歷山大持續向南行軍，一路征服了敘利亞、黎凡特沿岸以及埃及。之後他回到波斯，在途中征服了巴比倫，並在高加米拉戰役中擊潰了最後一支波斯大軍。亞歷山大放過了從戰場上逃跑的波斯國王大流士三世，選擇先拿下蘇薩的國庫。他接著佔領了古波斯帝國的首都波斯波利斯，並放任屬下進行長達數天的劫掠。亞歷山大在波斯波利斯待了五個月之久，直到波斯波利斯（據稱是在意外中）被焚為平地為止。

離開波斯波利斯後，亞歷山大便回歸征途，進入米底亞追殺大流士三世和波斯潰軍，並一路追往帕提亞。大流士三世在帕提亞遭到親信貝蘇斯的俘虜，貝蘇斯將大流士三世殺掉後便撤退到山區，開始對希臘軍隊進行游擊作戰。但貝蘇斯卻也在西元前329年遭到背叛，並被希臘將領托勒密處決。當時亞歷山大仍忙著在錫爾河戰役中擊敗當地聚居的斯基泰人，沒空理會弒君的波斯貴族。而斯基泰人為了求和，很快便殺害了他們的領袖斯皮塔米尼斯。

亞歷山大大帝帶著不斷折損的大軍踏平了米底亞、帕提亞、亞利亞和巴克特里亞（現代的阿富汗）、德蘭吉亞那和斯基泰。在途中，這位年輕的國王娶了巴克特里亞公主羅克珊娜來安撫舊波斯帝國東部勢力。不久之後，亞歷山大大帝便決心嘗試征服當時傳言比波斯更為富裕的印度大陸。最後亞歷山大大帝遭遇了印度國王波魯斯並形成對峙。亞歷山大最終還是贏得了這場戰役，但代價卻極為慘重，導致他麾下的人們開始哀求他結束征戰，讓他們能夠卸甲歸鄉。

亞歷山大旋即回到了巴比倫來統治他的帝國，但他顯然覺得治理國家是件無聊的事，因為「當亞歷山大看見他寬廣的領土時，便開始為世上已沒有他可征服的土地而落淚」。

回到巴比倫後，亞歷山大的身體狀況便開始急遽衰退。在縱情酒色之下（而巴比倫則是著名的酒色之都），他變得暴躁易怒且猜忌多疑。到了西元前323年6月，他的身體終於不堪重負，就此過世。