歷經數世紀的強制閉鎖後，日本在過去一百五十年間，蛻變為在經濟與文化上最具產能與影響力的文明。在江戶時代，與歌舞伎，「浮空的世界」的版畫及內部政治相關聯的是武士；而百年後，站上世界中心的舞台的則是日本藝術家、建築師、時尚設計師和生意人。傳承許久的「和」（通常被詮釋為「和諧」），是好是壞，已被代換為進步與利益。

根據日本最早的文獻《古事記》（約712年）記載，在五位原始神明出現之後，又誕生了一對兄妹神明，名為伊耶那岐神和伊耶那美神，他們創造了日本的434個島嶼——用一根巨矛攪動海水，從矛上滴落下來的海水就形成了島嶼，二神在此安居並生下了其他Kami（神明或「精神的本質」的意思）。真實情況乏味多了；大約四萬年前，人類跨過陸橋進入該島，大約兩萬九千年後，這個島嶼從亞洲大陸脫離。到了西元前660年左右，出現了一種人類文明，當時的統治者據稱是太陽女神的後裔。

日本的「文字記載歷史」大約從三世紀開始，當然在更早時期也有一些乏味的記錄，例如西元57年的《後漢書》。日本的古墳時代見證了幾大軍事家族的崛起，最引人注目的是大和家族，他們最終統治了本州島中南部，過程中當然發生了大量殺戮。最終，擊敗了其他家族後，大和家族宣佈自己是日本群島的天皇。但在接下來的幾個世紀裡，他們的權力卻被不斷減弱，皇室的權威被野心勃勃的大領主們不斷破壞掉了。

在大和天皇統治下的前一百年裡，日本農民開始在農業上使用鐵製工具，土地上出現了更先進的種植方式，洪水氾濫的土地用來種水稻，這是一種美味且營養豐富的穀物，不久就成為了日本料理的基礎。這種土地的饋贈意味著使用更少的農民就可以種植出更多的糧食，這使得大領主們開始將剩餘勞動力用於軍隊事務中。一種新興階層開始躋身於日本社會：武士階層，或稱為「貼身護衛的人」。很快，所有領主都有了自己的私人軍隊。就在這時，日本從他們的鄰國那裡引進了一些先進技術，其中最重要的可能是中國的書籍；還有像儒家思想這樣的宗教漢字手寫本。到了六世紀，佛教也出現在這裡。

最初的幕府將軍是受天皇任命的「征夷大將軍」（「對抗野蠻人的遠征軍總司令」），任務是除掉那些蝦夷人、阿伊努人和其他那些在島上居住但不接受帝國統治的人。從那時起，幕府將軍的爵位變為世襲，幕府將軍也成為了公認的島國軍事領袖以及隱藏在皇室背後的真正統治者。不必說，為了奪取這一職位自然引發了不少爭鬥。1185年，源氏家族在源平合戰中消滅了當時幕府將軍中的大部分平氏家族。源氏立即通過法律建立了一套封建體系，而與世隔絕的天皇則完完全全被限定為一個受人尊敬的傀儡。

當源賴朝去世後，他妻子的家族——北條氏家族——控制了幕府。其中，北條時宗打敗了兩次蒙古軍隊入侵，使得禪宗佛教得以傳播開來，並幫助形成了武士道精神的最終形式。蒙古入侵對日本歷史產生了兩點重要影響。日本劍砍在蒙古兵厚重的熟皮盔甲上時，劍身會崩斷，這嚇壞了日本人，同時也讓鍛冶大師鑄造的著名的日本武士刀得到發展。凶狠的武士同非日本裔敵人共作戰三次，第一次就使用了武士刀（另外兩次是1592年朝鮮入侵和1609年琉球入侵）；多數情況下，他們會將敵人砍成碎片。

北條家族的權力一直維持到1333年，當時後醍醐天皇發動了一起政變將實際統治權奪回到皇室家族手中。在這場鬥爭中，他得到了一些貴族、武士階層和一些激進的佛教僧人的幫助。但後醍醐天皇的很多重要盟友卻對事後的分贓非常不滿，並於1336年發到叛亂，將後醍醐天皇驅逐到了北部的吉野山中。在接下來的60年裡，日本存在著兩個王朝，一個在日本南部，一個在日本北部，他們對日本進行分裂統治。南部的天皇仍然是一個傀儡，真正的實權掌握在室町幕府手中。1391年，兩個王朝被再次聯合起來，由幕府將軍足利尊氏掌權。

由此帶來了日本發展過程中的「戰國」（或者更為正式的術語為戰國時代）時期，這150年的特色是社會動蕩，政治陰謀（夾雜著一些暗殺行動）以及武士階層的私人軍隊之間永不停歇的軍事衝突。這一時期確實是一個巔峰時期。宏偉城堡工程——有很多依然屹立——已經成為了一種藝術形式；日本士兵能熟練操作多種武器，包括歐洲商人引進槍械後出現的步槍；忍者也在這一時期出現。最終，這一國家在英明的織田信長的領導下幾乎完全統一，但織田信長卻在1582年不幸被他最信任的部下之一背叛並殺害。在這場血腥巨變中，信長領地附近的一位大領主盟友德川家康——當時最著名的武士之一——於1603年成為了幕府將軍。

當這一切還在進行中時，歐洲人來了。1543年，一艘駛向中國的葡萄牙船在種子島登陸。接下來幾年裡，來自葡萄牙、西班牙和荷蘭的商人都選擇造訪此地，還有一些耶穌會、道明會和方濟會傳教士都選擇留在這裡傳播他們的福音。新的幕府將軍懷疑在本國建的外國貿易區和教堂只不過是歐洲入侵的前兆。此外，基督教迅速傳播，特別是在那些愁眉不展的農民中傳播極快。1637年的島原之亂——由大約3萬基督徒（大多是農民）和浪人（無主的武士）組成——幕府將軍帶領龐大軍隊才鎮壓下來。

幕府時代的將軍已經受夠了。緊隨島原之亂的是德川家光統治下的第一次所謂的「鎖國」（隔離政策），在接下來的250年裡，他的繼任者們又繼續將這一政策進行不斷強化。各式各樣的傳教士、商人以及外國人——除了被關在長崎灣弧形人工島的荷蘭人和中國人——全被驅逐出境。與朝鮮的貿易往來也僅局限在對馬島。所有擅自進入日本的外國人或離開本土的日本人會被立即處死。天主教教徒被驅逐，他們建造的學校和教堂也被拆毀，並禁止大領主成為基督教徒，如有違反，也會被處以——毫無疑問——死刑（這是幾乎所有犯罪行為的日本懲罰標準）。

不知是不是因為鎖國政策，在這250多年的德川幕府時期，日本經歷了社會和文化繁榮，而且相對穩定和平（強制使用武士刀）。浮世繪木版畫中出現了很多傑出藝術作品，歌舞伎和文樂木偶戲劇院也是佳作頻出；一些最著名的由十三弦古箏和五孔竹笛創作的曲目也起源於這一時期。藝伎也從簡單的表演者——包括各種風格類型——逐漸演變成最精緻的女性。由武士贊助的藝術，其範圍擴展到了整個日本島的景觀美化和建築領域。社會等級結構變得嚴格起來，從最底層的農民（約佔人口總數的80％）到250位大領主，形成了一個人人認清自己地位並履行相應職責的等級系統。如果一個人跨越了自己的身分地位，那麼他會受到嚴厲處罰…並且馬上執行處罰。從喝茶到自殺，所有事都變得非常程式化。

1853年，美國海軍上將馬修•培理不請自來，日本形勢開始陡轉直下。馬修•培理讓四艘炮火齊備的現代化戰艦在江戶灣上航行，並要求日本無條件開放與西方的貿易。第二年，培理再次出現，這次他帶來了七艘戰艦，並強迫幕府將軍在美國大炮的威脅下簽訂了「和平友好條約」。短短五年內，日本便「享受」到了和大部分西方列強簽訂類似條約的優厚待遇。在神聖的自家門口被外邦軍事火力壓倒的恥辱導致幕府被推翻，實際大權轉回到天皇手中。

朝氣蓬勃又年輕的明治天皇於1867年登基，並在國內開始進行從上到下的徹底改革，目的是使日本在軍事和經濟上趕超那些戰艦航行到自己島嶼附近的西方國家。到了1912年，政府已經徹底廢除了封建主義，大部分大領主的土地統一由「帝國控制」，並將其中的很大一部份返還到農民手中，建立了信仰自由制度，促進了貿易發展，幾乎消滅了武士階級。從更實際的視角來看，皇室促進了工業化，並以歐洲模式為基礎建立起了君主立憲制度。1873年，日本在全國範圍內徵兵，建立起日本帝國陸軍和海軍軍隊。

憑借著這些高效率政策，日本很快成為了該地區的大國，並很快開始模仿西方國家的另一特性——建立起一個殖民帝國。1894年，日本與奄奄一息的中國爭奪朝鮮主導權；日本輕鬆勝出，並為朝鮮、台灣、澎湖、遼東半島爭取到了「獨立」地位。但西方列強卻強令日本把遼東半島還給了中國，中國立即把它租賃給了俄國。日本被激怒了，而且由此爆發的1904年日俄戰爭也給了日本一個機會證明自己可以凌駕於「西方」列強之上。一戰給了日本奪取戰敗國德國在太平洋和亞洲殖民地的機會。隨後日本開始蠶食中國，日軍進入滿洲——每個人都焦慮不安。在經濟蕭條和西方關稅的刺激下，極權主義的軍國主義分子控制了政府。直到20世紀30年代末，西方民主國家和大日本帝國一直在發生衝突。

在美國民眾的強烈抗議，加上日本在中國暴行的報導，納粹德國大敗法國後對中南半島的侵占，與俄國在滿洲地區爆發衝突等局勢下，沒過多久，隨著1941年對美國和英國展開攻擊，日本加入了二戰戰局。日本發覺在初期驚人的大捷之後，他們開始一敗塗地，正在輸掉這場太平洋戰爭，最終在1945年八月受原子彈摧毀。在美國佔領下的一片廢墟中，日本再起，宛如鳳凰重生，成為領先世界的經濟、技術、文化強國之一。