Франц Хиппер родился в 1863 году в Вайльхайм-ин-Обербайерне близ Мюнхена. Ничто не предвещало его успешной карьеры в германском военно-морском флоте. Но после завершения базовой подготовки в 1879 году он решил пойти во флот (возможно, чтобы «увидеть мир»). После учебы в Киле он сдал вступительные экзамены, и в апреле 1881 года, в возрасте 18 лет, Франц Хиппер стал кадетом. После очередного курса учебы он стал курировать подготовку новобранцев для Первого военно-морского батальона. Пройдя школу исполнительных офицеров в 1885 году, Хиппер служил на нескольких военных кораблях, в том числе крейсере «Фридрих дер Гроссе» и эскадренном броненосце «Верт».

Хиппер быстро продвигался по службе благодаря профессионализму и компетентности. Став капитаном 1-го ранга в 1907 году, Хиппер командовал различными экипажами, отвечал за подготовку экипажей торпедных катеров, а затем стал начальником штаба контр-адмирала Густава фон Бахманна, командира силами разведки. В январе 1912 году, когда фон Брахманн получил повышение, Хиппер сам стал контр-адмиралом и командиром разведывательных сил. В 1913 году Хиппер принял на себя командование 1-й разведывательной группой, состоявшей из крейсеров Флота открытого моря, сочетавших мощность со скоростью.

Хиппер находился на этом посту, когда в августе 1914 году вспыхнула война между великими европейскими державами. Остаток своей карьеры Франц (уже «фон») Хиппер сражался с англичанами за контроль над Северным морем. Он совершал набеги на британские прибрежные города (Ярмут, Хартлпул, Уитби и другие) и участвовал в сражении у Доггер-банки и в Ютландском сражении. В августе 1918 года, за несколько месяцев до перемирия, он был назначен командующим всем флотом. Франц фон Хиппер вышел в отставку в декабре и спокойно провел остаток жизни в Альтоне, где умер в 1932 году.