忠誠度是衡量城市對文明忠心程度的標準。每座城市都有從0到100的忠誠度值，反映著城市 公民想繼續待在文明中的意願。當忠誠度降至75以下時，城市的收益將會減少25%；而忠誠度降至25以下後，城市的收益會減少50%，成長率也會下滑75%。等到忠誠度降至0時，城市會開始叛亂，並脫離成為自由城市。自由城市不歸屬於任何文明，並且會自行抵禦軍事入侵。若自由城市的忠誠度降至0，代表其獨立訴求失敗，因而將尋求加入其他文明。自由城市將請求加入獨立期間對其散播最多忠誠度壓力的文明。玩家便能夠以這樣的方式兵不血刃地拿下（或奪回）這座自由城市。

忠誠度每回合會隨著許多因素而變化，當中最為重要的因素便是居住在城市周遭的 公民。如果城市內 公民的忠誠度壓力大於周遭其他文明的忠誠度壓力，該城市的忠誠度便會增加（每回合最高+20）。如果來自其他文明的忠誠度壓力較大，該城市的忠誠度將會減少（每回合最高-20）。每位 公民都會散播1點的基礎忠誠度壓力，但此數值可能會有所增減。舉例而言，居住於首都的 公民便會額外散播1點忠誠度壓力。黃金時代與英雄時代能讓每位 公民增加0.5點的忠誠度壓力，而黑暗時代則會減少0.5點的忠誠度壓力。 公民忠誠度壓力會影響9個單元格範圍內的其他城市，但每隔1個單元格效果減弱10%。

城市中的 行政長官與幸福感等級也是影響城市每回合忠誠度變化的有力因素。除此之外，以軍事手段征服的城市將承受忠誠度減益，然而在城市中駐紮軍事單位即可卸去這些效果。可以使用忠誠度濾鏡來檢視包括來自附近其他城市的忠誠度壓力來源等影響忠誠度的因素。玩家能在「城市詳情」面板中的「忠誠度與行政長官」段落檢視城市忠誠度的完整影響因素解析。

城市信仰玩家所創立的宗教時+3忠誠度；信仰其他玩家所創宗教時每回合-3忠誠度。