自由城市是因為失去忠誠度而脫離原文明的城市。這些城市並非城邦，並且很有可能加入其他遊戲中的主要文明。自由城市和一般城市一樣，也必須維持其忠誠度，同時會受到其他文明的忠誠度壓力影響。如果自由城市的忠誠度歸零，它將加入獨立後對其散播最多忠誠度壓力的文明。也就是說若要吸引自由城市加入，必須同其他文明競爭。將忠誠度壓力最大化可提高獲得最多忠誠度的機會，進而拿下自由城市。

自由城市會修復遭到掠奪的改良設施，並生產用於自衛的軍事單位，有時還可能會建造城牆來增加國防實力。若遭到文明攻擊，自由城市會嘗試反擊該文明的城市。否則自由城市中的公民將自行其事，等待世界上其他文明吸引他們加入。