Queixas são penalidades diplomáticas que você acumula através de atos hostis ou agindo contra os desejos das outras civilizações no jogo. Cada civilização acompanha as Queixas que tem contra as outras civilizações, e leva-as em consideração ao decidir como se posicionar em relação a elas e a suas opções diplomáticas. Quando outra civilização tem grandes Queixas contra você, cidades fundadas por ela são menos leais a você, é menos provável que elas ajam de forma favorável a você, e outras civilizações podem considerar você belicoso se continuar a prejudicar outras civilizações.

A maioria das Queixas é gerada em uma grande soma como resultado de uma única ação, mas possuir cidades inimigas gera uma certa quantidade a cada turno. Durante épocas de paz entre civilizações, suas Queixas tendem ao zero turno a tuno. Queixas diminuem rapidamente nas primeiras Eras, mas o ritmo da diminuição desacelera quando a Era avança.

Queixas são comumente geradas ao declarar guerra ou capturar cidades inimigas. Usar um casus belli reduz parte das Queixas geradas por suas ações durante a guerra. Denunciar uma civilização gera Queixas contra você. Eliminar uma cidade-estado gera Queixas contra você de todas as civilizações que já tiveram contato com a cidade-estado. Se você ignorar ou negar uma solicitação de outra civilização, a outra civilização terá Queixas contra você; porém, se você prometer atender a uma solicitação e depois quebrar a promessa, isso gerará níveis ainda maiores de Queixas.

Além disso, você gera Queixas de terceiros que possuem uma relação com a civilização que está furiosa com você. Por exemplo, se você fizer alguma coisa que gere Queixas da América contra você, e a América tiver uma aliança com a Inglaterra, então você também gerará uma porcentagem dessas Queixas da Inglaterra.