Vulcões são comumente encontrados perto de fronteiras continentais. Vulcões têm três estágios: dormente, ativo e em erupção. Vulcões Dormentes são idênticos a painéis de montanha. Um Vulcão dormente pode se tornar ativo, isso acontece quando eles começam a brilhar por dentro, e a fumaça saindo do topo é um anúncio do que está por vir. Vulcões ativos irão eventualmente entrar em erupção e danificar os painéis ao redor e quaisquer características ou melhorias desses painéis.

Melhorias afetadas por um Vulcão em erupção podem ser pilhadas ou removidas. Guarnições e fortificações podem sofrer dano. Centros das Cidades próximos a um Vulcão em erupção podem sofrer perda de população. Mas nem tudo está perdido. Cada painel afetado por erupções vulcânicas tem uma chance de ter maiores ganhos de alimento e de produção após o evento. Maravilhas não são afetadas por erupções.

Fissuras Geotérmicas são um recurso de terreno não removível que dá +1 de Ciência para o painel. O Aqueduto padrão e as Terma Romana dão +1 de Serviço quando colocados ao lado de uma Fissura Geotérmica. O Banho Termal Húngaro dá +2 de Serviço e +3 de Turismo. A melhoria Usina Geotérmica deve ser construída sobre uma Fissura Geotérmica.

Inundações podem acontecer em qualquer painel adjacente a um rio. Inundações têm uma chance de saquear ou remover melhorias de painel, de saquear edifícios em distritos, de reduzir a população do centro da cidade e de danificar unidades ou fortificações. Maravilhas não são afetadas por inundações. Inundações podem variar em gravidade, sendo que as mais severas (como as grandes enchentes) afetam áreas maiores. Você pode impedir inundações construindo uma represa. Apenas uma represa pode ser construída por rio. A Maravilha Grande Banho impede danos causados por inundações. Quando uma Inundação passa, existe uma chance de que painéis afetados tenham maiores ganhos de alimento ou de produção.

Tempestades podem aparecer em qualquer lugar do mapa e irão persistir por 3 turnos. Os estágios das tempestades são Formação, Avanço e Dissipação. Os tipos de tempestades que aparecem dependem do terreno ao redor. Todas as tempestades têm uma chance de saquear ou remover melhorias de painéis, de saquear edifícios em distritos, de reduzir a população do centro da cidade e de danificar unidades. Os efeitos de tempestades variam de acordo com seu tipo:

Nevascas podem ocorrer em painéis de Neve ou Tundra. Elas vão de significantes (7 painéis) a devastadoras (19 painéis). Após uma Nevasca passar, existe uma chance de que painéis afetados tenham maiores ganhos de alimento.

Tempestades de Areia podem ocorrer em painéis de Deserto. Elas vão de gradiente (3 painéis) a haboob (7 painéis). Após uma Tempestade de Areia passar, existe uma chance de que painéis afetados tenham maiores ganhos de alimento ou de produção.

Tornados ocorrem apenas em painéis de Planície ou de Pradaria. Eles vão de família (1 painel) a surto (3 painéis).

Furacões ocorrem apenas em painéis de Oceano. Elas vão de categoria 4 (7 painéis) a categoria 5 (19 painéis). Após um Furacão passar, existe uma chance de que painéis afetados tenham maiores ganhos de alimento ou de produção.

Conforme o jogo avança pelas eras, Civilizações irão descobrir Recursos Consumíveis e Energéticos. Usar Recursos Consumíveis para fornecer energia produz CO2. Quanto mais CO2 for produzido, o Gelo Polar começará a derreter causando um aumento no nível do mar.

Terrenos costeiros possuem quatro níveis:
1 metro
2 metros
3 metros
Não afetado por inundação costeira.

Cada nível de CO2 global que é alcançado aumenta o nível do mar em 0,5 metro. Isso significa que no Nível 2 os terrenos costeiros de 1 metro serão inundados. Se um nível alto suficiente for atingido, painéis de 1 e de 2 metros ficarão submersos e se tornarão painéis de água costeira. Isso pode resultar na destruição de Melhorias e de Distritos nos painéis inundados e na perda de população nos Centros das Cidades.

Conforme os níveis globais de CO2 aumentam, a chance de ocorrerem tempestades, inundações de rio e secas também aumenta. Além disso, esses desastres tendem a ser mais severos do que com níveis baixos de CO2. Nos níveis mais altos de Mudança Climática, começa a ocorrer desertificação: Tempestades e Inundações não deixam mais produção, e ganhos iniciais de fertilidade (de Vulcões, Inundações ou Tempestade) podem ser perdidos para Tempestades e Secas.

Apesar das Usinas Nucleares fornecerem energia para as suas cidades sem causar um aquecimento global significativo, há chance de acontecer um acidente nuclear com o passar do tempo.

Após a Usina Nuclear ser construída, ela fornecerá energia sem problemas por um certo número de turnos. Com o passar o tempo, a chance de acontecer um acidente nuclear aumenta. Você pode evitar isso realizando manutenção na Usina Nuclear como um projeto na cidade natal.

Os acidentes nucleares possuem três níveis de gravidade, do menos para o mais grave: liberação de vapor radioativo, vazamento de radiação e desastre nuclear. Quando eles ocorrem, vazamentos de radiação e painéis ficam sujeitos a precipitação radioativa, como se uma arma nuclear fosse detonada. Também há chance de melhorias, edificações, unidades e população serem prejudicadas.

As secas são períodos prolongados de precipitação reduzida, onde a agricultura se torna mais difícil ou impossível, resultando na perda de alimentos.

As secas podem ocorrer em Pradarias ou Planícies sem recursos como árvores, colinas, rios ou costas nas proximidades. A seca será centralizada em um painel de Pradaria ou Planície, com pelo menos quatro painéis de Pradaria ou Planície adjacentes que não tenham qualquer outro recurso. Uma seca também pode se estender a painéis adicionais, podendo afetar grandes regiões. As secas se tornam mais comuns à medida que a temperatura global aumenta.

Uma seca reduzirá a produção de alimento de um painel em 1. Além disso, quaisquer melhorias de fazendas, acampamentos, plantações, pastos e os mekewaps, Estação do Outback e montes de Cahokia construídos nas áreas afetadas serão pilhados. Há uma chance de as secas mais severas virem a remover inteiramente essas melhorias!

Uma cidade com um Aqueduto, Represa, Distrito de Banho, ou melhoria de Poços com Degraus, não sofrerá a redução de -1 na produção de alimento durante uma seca, mas ainda assim terá suas melhorias pilhadas.

Uma Grande Seca dura 5 turnos, e uma Seca Extrema, 10. As melhorias não podem ser reconstruídas ou substituídas enquanto a seca estiver ativa. As secas não oferecem quaisquer benefícios após terem terminado.

Qualquer painel com Bosque ou Floresta Tropical pode pegar fogo. O fogo arde por três turnos, destruindo melhorias no painel, reduzindo a população da cidade respectiva e causando dano a unidades. No segundo e no terceiro turno, o incêndio pode se espalhar para qualquer painel adjacente de Bosque ou de Floresta Tropical.

Quando o incêndio termina, o Bosque ou Floresta Tropical é substituído por uma variante queimada, reforçando a produção de alimento do painel. Nos 3 turnos seguintes, ela se recupera até voltar ao estado normal, reforçando a produção do painel.

Os meteoros podem cair em qualquer lugar na terra no espaço entre os territórios dos jogadores, e deixam um Local do Meteoro. Qualquer unidade pode coletar esse Local do Meteoro, recolhendo os minérios avançados facilmente acessíveis nas rochas que caíram, concedendo uma unidade de Cavalaria Pesada gratuita na sua cidade mais próxima. Esta unidade não possui custo de manutenção de recurso.

Erupções Solares afetam o mapa inteiro. No momento em que são iniciadas, elas destroem edificações de usina de energia, e podem causar danos a melhorias e unidades avançadas, edificações de energia e distritos de Campus, Zona Industrial e Espaçoporto.

Colisões de Cometa afetam quatro painéis adjacentes ou Centros da Cidade, eliminando tudo em seu caminho e tornando os painéis intransponíveis.