Nato nel 1863 a Weilheim in Oberbayern, vicino a Monaco di Baviera, in gioventù Franz Hipper non sembrava offrire materiale promettente per la Marina Imperiale Tedesca. Ma dopo aver completato nel 1879 l'addestramento base, decise di arruolarsi: dopo ulteriori studi a Kiel superò l'esame e nell'aprile del 1881, all'età di 18 anni, Franz Hipper divenne un ufficiale. Dopo un altro periodo di formazione fu nominato supervisore dell'addestramento delle reclute del Primo Battaglione Navale. Dopo aver frequentato la scuola per alti ufficiali Hipper prestò servizio su diverse navi da guerra, tra cui la fregata Friedrich der Grosse e la corazzata Worth.

Gli avanzamenti di carriera si susseguirono per Hipper, che era un vero modello di professionalità e competenza. Promosso "Kapitän zur See" (capitano di vascello) nel 1907, Hipper assunse vari comandi navali, fu responsabile dell'addestramento degli equipaggi delle torpediniere e divenne capo di stato maggiore del contrammiraglio Gustav von Bachmann, aiutante di bandiera aggiunto della Forza di esplorazione. Nel gennaio del 1912, quando von Bachmann fu promosso, Hipper divenne a sua volta contrammiraglio e aiutante di bandiera. Nel 1913 Hipper assunse il comando del Primo gruppo di ricognizione, formato da incrociatori da battaglia della Flotta d'alto mare che univano potenza e velocità.

Hipper ricopriva quella posizione quando nell'agosto del 1914 scoppiò la Prima guerra mondiale. Per il resto della sua carriera, Franz (ormai "von") Hipper avrebbe combattuto gli inglesi per il controllo del Mare del Nord. Durante la guerra bombardò città costiere inglesi (Great Yarmouth, Hartlepool, Whitby e altre), partecipò alle battaglie di Dogger Bank e Jutland e in genere si diede da fare... finché finalmente nell'agosto del 1918 non fu promosso ancora e messo al comando dell'intera flotta, pochi mesi prima dell'armistizio. Von Hipper andò a riposo il dicembre successivo e si trasferì ad Altona, dove passò una vita tranquilla fino alla sua morte nel 1932.