D'après la légende, le royaume de Kongo tire ses origines des troubles rencontrés par l'immense, mais modeste royaume tribal de Mpemba Kasi autour de la vallée de Kwilu. Ces histoires racontent comment le faible Mpemba Kasi forgea une alliance avec son voisin militariste, le Mbata, qui lui permit de conquérir le royaume de Mwene Kabunga situé sur un plateau au sud. Lorsque le guerrier Nimi a Lukeni unifia ce territoire, il fonda également la capitale de Mbanza-Kongo, le village sur la montagne. C'est ainsi que le royaume de Kongo vit le jour vers 1390. À son apogée, il contrôlerait un territoire s'étendant de la côte atlantique centrale jusqu'à la rivière Kwango, et de Pointe-Noire au nord jusqu'à la rivière Loje au sud.

Comme on pouvait s'y attendre, Nimi devint le premier manikongo (roi). À sa mort, son frère Mbokani M'vinga lui succéda ; avec ses deux femmes et ses neuf enfants, il engendra un kanda (lignée) fertile qui régna sans interruption jusqu'à la fin de l'existence du Kongo indépendant. Son règne donna lieu à la conquête du royaume voisin de Loango et d'autres territoires environnants. Le manikongo Mbokani instaura également la pratique consistant à offrir la gouvernance des provinces du Kongo aux membres de la famille royale. Sous cette centralisation, les provinces perdirent progressivement leur influence, jusqu'à ce que leur pouvoir devienne en grande partie symbolique. (C'est ainsi qu'en 1620, le royaume de Mbata, autrefois fier et indépendant, n'était plus connu que comme le "grand-père du roi du Kongo").

À cette époque, le trône subsistait grâce aux impôts, aux travaux forcés et aux prélèvements royaux. Pour financer son armée, le manikongo vendait parfois des esclaves, du cuivre et de l'ivoire aux Européens qui commençaient à arriver sur la côte. Les villes et les royaumes voisins étaient également contraints de participer à la croissance de Mbanza-Kongo, qui devint rapidement l'une des villes africaines les plus riches du XVIe siècle. Le royaume profita d'une croissance stable, grâce aux lances des guerriers bantous. À l'arrivée des Européens, le manikongo régnait sur six provinces (Mpemba, Mbata, Nsundi, Mpanga, Mbemba et Soyo) ainsi que quatre royaumes vassalisés (Loango, Cacongo, Ngoye et Ndongo). Si l'on en croit les récits, le roi était capable d'envoyer en une semaine sur le champ de bataille 300 000 guerriers entraînés et disciplinés, hommes et femmes confondus.

La population du Kongo se concentrait autour de la capitale de Mbanza, qui comptait quelques 100 000 habitants, soit un Kongolais sur cinq. Même si ce nombre incluait certainement la périphérie de la ville, cette concentration permettait l'accumulation de nourriture, de ressources et de main-d'œuvre dont le manikongo pouvait disposer en cas de besoin. Elle fit également de la ville le centre d'un vaste réseau commercial (comme quoi, tout revient toujours à l'argent). En plus d'exporter des ressources comme l'ivoire et le minerai métallique, les familles industrieuses du royaume géraient des affaires fabriquant des produits de cuivre et d'autres métaux, du tissu de raphia et des poteries.

En 1483, l'explorateur portugais Diogo Cão remonta le fleuve Congo "non découvert", un voyage qui le mena au royaume de Kongo. Il y laissa quelques-uns de ses hommes comme "invités" et ramena des représentants du Kongo au Portugal, où le roi lui décerna le titre de cavaleiro (chevalier) en récompense. Homme de parole, une rareté parmi les Européens traitant avec des indigènes, Cão ramena ensuite les nobles dans leur pays en 1485. C'est à cette période que le manikongo Nzinga a Nkuwu se convertit au christianisme. En 1491, Cão fit un nouveau voyage au Kongo, accompagné cette fois d'un prêtre catholique qui baptisa officiellement Nzinga et certains de ses nobles, et le manikongo prit le nom chrétien de "Jean" en l'honneur du roi portugais de l'époque. Cão avait également ramené au pays un Kongolais qui établit une école de style portugais à Mbanza, aidant le Portugal à s'immiscer davantage dans le royaume.

À la mort de Jean Ier, né Nzinga, le trône revint à son fils Alphonse Ier, né Mvemba a Nzinga. Contrairement à son père, qui s'était laissé aller après sa conversion, Alphonse était, aux dires de tous et de lui-même, un pieux catholique déterminé à montrer la lumière à son peuple. Avec l'aide des conseillers du Portugal et de l'église qu'il avait accueillis dans son entourage, il chercha à créer une synthèse entre le christianisme et la foi native. Malgré l'échec de ses tentatives, il parvint à établir une infrastructure catholique viable en finançant des écoles et des églises à l'aide de la trésorerie royale, que cela plût à ses sujets ou non. Pour pallier le manque d'ecclésiastiques, surtout de locuteurs natifs, plusieurs jeunes nobles furent envoyés en Europe pour étudier la religion ; l'un des fils d'Alphonse fut nommé évêque (d'Utique, loin au nord) et pasteur apostolique du Kongo après sept années d'apprentissage des saintes écritures.

Cependant, l'esprit de charité et de réconfort du christianisme fut bientôt ébranlé par le commerce des esclaves en plein essor du Kongo, associé à la cupidité portugaise. Dans les décennies qui suivirent l'arrivée de Cão, les territoires extérieurs du royaume de Kongo devinrent la source principale de la traite négrière du Portugal. L'esclavage existait depuis déjà bien longtemps au Kongo lorsque le royaume se mit à commercer avec l'Europe, mais les Portugais entreprirent une "course aux esclaves" dont la plupart étaient envoyés aux Caraïbes ou au Brésil. Ce commerce s'avéra extrêmement lucratif pour le Kongo, tout en lui fournissant une manière efficace de se débarrasser des prisonniers capturés dans les conflits endémiques du royaume sur les frontières sud et est. Malgré tout, les souverains successifs soupçonnaient qu'un grand nombre de leurs propres sujets étaient asservis "illégalement" (en l'absence de prisonniers de guerre) et le royaume finit par se retrouver déstabilisé. Une administration de la traite fut donc mise en place, avec l'établissement de comités royaux chargés d'empêcher les déportations illégales. De plus, les esclaves étaient baptisés par les prêtres portugais avant leur départ, pour qu'ils puissent partir tranquilles en sachant qu'au moins leur âme était sauvée.

Ce ne fut toutefois pas le christianisme ni l'esclavage qui causèrent la perte du royaume, mais les luttes sanguinaires pour la succession du trône. Étant donné que les cousins, oncles, frères et fils du manikongo régnaient sur les provinces et les territoires vassalisés comme Mbokani l'avait décrété, la mort de chaque roi entraînait inévitablement une guerre civile, les prétendants au trône disposant tous de leur propre petite armée. En 1568, la capitale fut ainsi capturée par les Jagas qui, en fonction des récits, étaient des envahisseurs venus de l'est ou peut-être des sujets mécontents. Nimi a Lukeni, ou Alvare Ier pour les catholiques, reprit la ville et fut couronné roi. Cependant, comme il avait bénéficié de l'armement et du soutien du Portugal pour arriver à ses fins, il se vit contraint d'autoriser l'établissement d'une colonie portugaise dans la province de Luanda (qui devint plus tard l'Angola)... une décision malavisée, car les Portugais ne tardèrent pas à se mêler des affaires internes du Kongo.

En voyant approcher le raz-de-marée du progrès, Alvare, fondateur de la dynastie Kwilu, et son fils Alvare II cherchèrent à "occidentaliser" le royaume ; ils souhaitaient peut-être faire bonne figure face aux Européens, s'ils ne tentaient pas simplement d'échapper à l'inévitable. Quoi qu'il en soit, ces changements furent en grande partie superficiels. Alvare introduisit des titres de style européen (Mwene Nsundi devint ainsi le "duc de Nsundi") et son fils rebaptisa la capitale São Salvador. En 1596, des émissaires kongolais persuadèrent le pape de reconnaître la ville comme le centre d'un nouveau diocèse englobant le Kongo et l'Angola, mais le roi du Portugal déjoua les plans d'Alvare II en convainquant la papauté (à l'aide de "dons" appropriés, sans aucun doute) de lui donner le droit de désigner les évêques de ce nouveau siège.

Les relations entre l'Angola et le Kongo se dégradèrent alors, puis s'envenimèrent davantage lorsque le gouverneur colonial angolais envahit, quoique brièvement, le sud du Kongo en 1622. La situation dégénéra de plus belle lorsque le factionnalisme prit pied dans le royaume et que certains "ducs" provinciaux conclurent leurs propres accords avec les Portugais, aussi bien sur le plan militaire que commercial, c'est-à-dire en lien avec l'esclavage. Une vingtaine d'années plus tard, le manikongo Nkanga a Lukeni (Garcia II) s'opposa aux Portugais aux côtés des Hollandais lorsque ces derniers s'emparèrent d'une partie de l'Angola en 1641. Il se retrouva toutefois abandonné lorsque ses alliés effectuèrent une "retraite stratégique" en 1648. Des escarmouches frontalières entre le Kongo et le Portugal pour la possession de Mbwila, un territoire certes réduit, mais tout prétexte est bon, débouchèrent ensuite sur la bataille de Mbwila en octobre 1665.

Les troupes portugaises, composées de mousquetaires et d'artillerie légère, imposèrent une cuisante défaite à l'armée du manikongo : plus de 5 000 guerriers indigènes périrent, dont le roi. Après la bataille, les factions Kimpanzu et Kinlaza, deux branches de la famille royale, se disputèrent la couronne. La guerre civile se poursuivit jusqu'au siècle suivant, dévastant la campagne et entraînant la vente de milliers de captifs kongolais aux esclavagistes par les deux camps. La capitale elle-même fut pillée plusieurs fois et se retrouva presque entièrement abandonnée en 1696. Enfin, Pierre IV de Kibangu conclut un accord avec les nobles survivants, certes peu nombreux, prévoyant que le trône serait alterné entre eux. La paix fut ainsi rétablie... en quelque sorte.

La capitale abandonnée de Mbanza connut une renaissance lorsque la prophétesse chrétienne Béatrice Kimpa Vita et ses disciples, les Antoniens, s'y installèrent en 1705 avec l'appui du Portugal. Les Antoniens, nommés d'après saint Antoine, avaient pour but la création d'un nouveau royaume chrétien du Kongo, sous la protection directe de dieu. Hélas, ce dernier ne devait pas être au courant, car le roi Pierre IV, qui régna de 1696 à 1718, ne tarda pas à capturer Béatrice. Il la fit juger pour hérésie, puis exécuter, avant d'occuper à son tour la capitale et de rendre au Kongo son statut légitime de royaume "indépendant" en 1709.

Même si le système d'alternance du pouvoir assurait une paix relative, il n'empêchait pas d'occasionnelles disputes dynastiques, mais ces conflits mis à part, la situation prit une tournure positive au cours des XVIIIe et XIXe siècles. Les artistes kongolais se mirent à produire des crucifix représentant un Christ noir, une notion qui acheva de convaincre les derniers sceptiques. La religion finit par s'implanter si profondément que la population croyait fermement que des anges avaient rebâti la cathédrale en ruines de São Salvador en une nuit. En 1836, les Portugais abolirent la traite des esclaves, poussés davantage par les Britanniques que par un sentiment altruiste.

Au final, ce fut une nouvelle dispute dynastique qui sonna le glas du royaume de Kongo. À la mort d'Henri II en 1856, deux factions issues du clan Kinlaza contestèrent le trône. Pierre Lelo remporta la victoire, bien qu'il dût faire appel aux troupes portugaises pour y parvenir. Pour payer le prix de ce pacte avec le diable, Pierre V fut contraint de signer un traité de vassalité au Portugal et de jurer allégeance à sa couronne en 1857. L'année suivante, le Portugal bâtit un fort à São Salvador et y posta une garnison afin d'asseoir son autorité, et ce ne fut qu'en 1960 qu'un état indépendant vit le jour, sous le nom de République du Congo.