Mathématicien et ingénieur de renom avant même que Justinien Ier ne le choisisse pour construire la Basilique Sainte-Sophie à Constantinople, le grec Isidore de Milet eut une carrière bien remplie. Il enseigna dans les universités d'Alexandrie et de Constantinople, dressa la première liste exhaustive des écrits d'Archimède, et conçut des bains et des temples. Mais c'est pour la grande basilique que son nom est resté dans les annales.

La première basilique sur ce site avait été achevée en 360, mais avait été grandement endommagée lors des émeutes de la sédition Nika, en même temps que la majeure partie du reste de la ville. La sédition Nika de 532, déclenchée par des affrontements entre les Bleus et les Verts, supporters d'équipes rivales dans l'hippodrome, laissa la cité en cendres et provoqua quelque trente mille morts. Justinien, un homme pieux, voulait une église qui ne pouvait pas brûler. Alors, il se tourna vers Isidore et Anthémius de Tralles.

Leur concept se basait sur l'architecture romaine classique et des méthodes de construction modernes (pour l'époque). La basilique était axée sur une grande salle de 76 m sur 70 m, chapeautée par un énorme dôme, ce qui en faisait la plus grande église du royaume orthodoxe. La Basilique Sainte-Sophie fut achevée en à peine 5 ans, grâce à des milliers d'ouvriers "volontaires" et des tonnes de matériaux bruts "offerts" par les sujets de l'Empire. Isidore serait apparemment mort en 558, car lorsque le dôme fut endommagé par un tremblement de terre cette année-là, ce fut son neveu Isidorus qui supervisa les réparations.