Né en 1863 à Weilheim-in-Oberbayern, près de la montagneuse Munich, Franz n'avait rien d'un élément particulièrement prometteur pour la marine allemande impériale, mais après avoir achevé une formation de base en 1879, il décida malgré tout de s'y engager, peut-être aussi pour "découvrir le monde". Après des études à Kiel, il tenta le concours d'entrée dans la marine, et en avril 1881, à l'âge de 18 ans, Franz Hipper devint officier. Après de nouvelles études, il fut choisi pour superviser l'entraînement des recrues du Premier bataillon naval. Diplômé de l'école d'officiers en 1885, Hipper servit sur plusieurs navires de guerre, dont la frégate blindée SMS Friedrich der Grosse et le cuirassé SMS Worth.

Modèle de professionnalisme et de compétence, Hipper continua de grimper les échelons. Promu Kapitan zur See en 1907, Hipper assuma divers rôles de commandement, servit en qualité d'officier chargé de l'entraînement des équipages sur les torpilleurs, et finit par devenir chef d'état-major auprès du contre-amiral Gustav von Bachmann, commandant général des Forces de Reconnaissance. En janvier 1912, quand Von Bachman fut promu, Hipper le fut également au grade de contre-amiral et officier général. En 1913, Hipper prit le commandement du Premier Groupe de Reconnaissance, constitué des cuirassés de la Hochseeflotte, qui combinaient puissance et vitesse.

Il était à ce poste quand des "querelles" éclatèrent entre les grandes puissances européennes en août 1914. Pendant le reste de sa carrière, Franz (désormais "von") Hipper allait combattre les Anglais pour le contrôle de la Mer du Nord. Entre le bombardement des villes du littoral britannique (Great Yarmouth, Hartlepool, Whitby et d'autres) et l'engagement dans les batailles du Dogger Bank et du Jutland, Franz ne chôma pas pendant la guerre et fut promu commandant de la flotte entière en août 1918 quelques mois avant l'armistice. Von Hipper prit sa retraite en décembre, et mena une vie paisible à Altona où il mourut en 1932.