Babilonia surgió de Mesopotamia –la tierra entre los ríos Tigris y Éufrates–, justo al suroeste de la actual Bagdad, alrededor del año 2000 a. C. En aquel momento, no conocían a ese pueblo como babilonios, sino como amorreos. Un jefe llamado Sumu-abum se declaró independiente de Kazallu, la ciudad-estado vecina, y fundó la primera dinastía babilónica. Pero Babilonia fue una ciudad-estado menor hasta la llegada de su gobernante más famoso, Hammurabi.

Hammurabi mejoró las infraestructuras de Babilonia y expandió las fronteras de esta mediante una serie de alianzas, traiciones y conquistas. Gobernó el imperio con una serie de leyes recogidas en el código de Hammurabi, normas que detallaban cómo se debían manejar el crimen y el castigo. Eran increíblemente específicas y racionales: la mayoría estamos familiarizados con la expresión "ojo por ojo, diente por diente" del código, pero también detallan las multas por robos (robar un buey tiene como castigo pagar treinta veces el precio original), negligencias médicas y otros delitos. Es de destacar que el Código contiene la presunción de inocencia hasta que se demuestre la culpabilidad, algo muy innovador por aquel entonces.

Aunque Hammurabi solía ausentarse por estar en campañas militares, siguió gobernando en la distancia, lo que le permitió mantener un contacto personal con el imperio, en rápida expansión. Al final de su reinado de cuarenta y dos años, controlaba todo el sur de Mesopotamia. La ciudad de Babilonia se estableció como capital de este imperio y se convirtió en el centro de la riqueza y el poder en Mesopotamia.

Babilonia entró en declive después de la muerte de Hammurabi, en 1750 a. C. Ninguno de sus sucesores tuvo la misma visión, la capacidad de crear alianzas o la destreza militar necesarias para mantener unido ese gran imperio (o por lo menos no se deificó en vida a ninguno de ellos, como a él; el listón estaba muy alto). El sucesor inmediato de Hammurabi, Samsu-iluna, vio cómo el imperio creado por este comenzaba a derrumbarse. Los asirios recuperaron las tierras perdidas con las expansiones de Hammurabi, y sus sucesores no lograron mantener las fronteras, lo cual redujo a Babilonia a una pequeña ciudad-estado una vez más.

Durante los siglos posteriores, Babilonia se vio desbancada, saqueada y conquistada varias veces. Las malas cosechas, la falta de un gobernante fuerte y los conflictos externos impidieron que la ciudad recuperara un punto de apoyo estable, incluso dentro de sus fronteras. Los hititas, los casitas, los caldeos, los arameos y, por último, los asirios se apoderaron de la tierra por un tiempo. Con los casitas, Babilonia encontró algo de prosperidad de nuevo (con el nombre de "Karanduniash"), sobre todo en los campos de las matemáticas, la medicina y la astrología. Mantuvieron la ciudad durante más de cuatrocientos años, hasta que otros la conquistaron.

Durante la última fase de la Babilonia gobernada por los asirios, en el reinado del rey Senaquerib, la ciudad se encontraba en un estado perpetuo de disturbios y rebelión, a los que el rey razonó que solo podrían poner fin arrasándola. Babilonia ardió. Senaquerib derribó las murallas y la dejó en ruinas tras destruir sus templos y palacios. Los propios hijos de Senaquerib se sorprendieron por lo que había hecho y mataron a su padre como castigo antes de ayudar a reconstruir la ciudad.

El rey Nabopolassar de Caldea empezó a reconstruir la ciudad una vez más en 612 a. C. Comenzó forjando alianzas; y luego su hijo, el rey Nabucodonosor II, construyó Babilonia para convertirla en una de las maravillas más bellas del mundo antiguo. En un frenesí de arte arquitectónico, Nabucodonosor erigió el zigurat Etemenanki y la puerta de Ishtar. Se dice que también encargó los Jardines Colgantes de Babilonia para su esposa, aunque nunca se ha confirmado la ubicación de estos.

Igual que muchas otras tierras alrededor del año 500 a. C, Babilonia cayó ante Ciro el Grande de Persia. Con Ciro II y, finalmente, con el rey Darío I, se convirtió en la capital de la novena satrapía (o provincia), así como en capital administrativa del Imperio persa. Una vez más, volvió a ser una ciudad que acogía a académicos y artistas por igual. El lugar prosperó durante doscientos años. Sin embargo, con el tiempo, Babilonia se rebeló, sobre todo después de que se incrementaran los impuestos sin que se vieran mejoras estructurales significativas a cambio.

Babilonia fue testigo de la conquista de Alejandro Magno, quien una vez más trajo riqueza y conocimientos a la ciudad. Durante doce años, se extendió por la región el eco de épocas doradas pasadas. Tras la muerte de Alejandro y la desacertada división de su imperio entre varios generales, además de la "transferencia" de parte de la población, la ciudad-estado volvió a caer en la insignificancia.

Pese a los ciclos de conquista, destrucción y reconstrucción posterior, Babilonia ha permanecido arraigada con firmeza en nuestra memoria histórica gracias a sus periodos de prominencia académica y arquitectónica. Con independencia de si los Jardines Colgantes estuvieran de verdad alguna vez en Babilonia, la ciudad cuenta con otras maravillas arquitectónicas. A pesar de los periodos de conquista, Babilonia nunca fue arrasada por completo o cubierta de sal. Al contrario, los conquistadores permitieron hasta cierto punto que permanecieran algunos aspectos de ella. Aún se encuentran trozos de la puerta de Ishtar, tablillas e incluso piso en el antiguo yacimiento (en el actual Irak) que esperan ser desenterrados y, tal vez, construidos de nuevo.