Tras siglos de aislamiento forzoso, en los últimos 150 años Japón se ha convertido en una de las civilizaciones más laboriosas e influyentes tanto cultural como económicamente. Mientras que los samuráis del periodo Edo se dedicaban al kabuki, a los grabados del "mundo flotante" y a su propia política interna, cien años más tarde, los artistas, arquitectos, diseñadores de moda y empresarios japoneses se contaban entre los más importantes de todo el mundo. Para bien o para mal, las milenarias tradiciones de Wa (traducido normalmente como "armonía") han sido sustituidas por otras que buscan el progreso y el beneficio.

Según el Kojiki, el primer libro escrito en Japón (alrededor del año 712 d. C.), la deidad Izanagi y su hermana Izanami, nacidas de los cinco dioses primordiales, crearon las 434 islas de Japón cuando agitaron los mares con una lanza. Las gotas que cayeron de la lanza formaron la tierra en la que se asentaron y en ella engendraron al resto de kami (dioses o "esencias espirituales"). La realidad es más prosaica que la mitología; los primeros humanos atravesaron itsmos hace 40 000 años y el archipiélago se separó del continente 29 000 años después. En el año 660 a. C. ya existía una civilización gobernada por un emperador que, supuestamente, descendía de la diosa Amaterasu.

La "historia documentada" de Japón comienza alrededor del siglo III, aunque existen algunas referencias imprecisas anteriores, como las mencionadas en el "Libro de Han Posterior" chino del año 57 d. C. Durante el periodo Kofun, en la parte sur y central de la isla Honshu surgieron varios clanes guerreros, entre los que destacó el Yamato. Tras someter al resto de clanes, los Yamato se autoproclamaron emperadores de las islas unidas de Japón. Su poder fue disminuyendo a lo largo de los dos siglos siguientes y los ambiciosos daimios (soberanos feudales) fueron minando la autoridad de la corte imperial.

Durante los primeros siglos del periodo Yamato, los agricultores japoneses comenzaron a usar herramientas de hierro en la agricultura. Esto, unido al sistema de anegación de la tierra, mejoraría la producción del sabroso y nutritivo arroz, que se convertiría en el elemento principal de la cocina japonesa. Las labores agrarias ya no requerían tanta mano de obra y los daimios emplearon a gran parte de sus siervos como combatientes. Una nueva clase se hizo un hueco en la sociedad japonesa: los samuráis o "aquellos que sirven". Poco después, todos los señores feudales contaban con su propio ejército. Fue también durante esta época cuando los japoneses adoptaron una serie de avances tecnológicos de sus vecinos, sobre todo de China. Junto con la escritura china llegó la religión, en concreto el confucianismo. El budismo llegaría a Japón en el siglo VI.

Los primeros sogunes fueron nombrados por el emperador Sei-i Taishogun (comandante en jefe de la fuerza expedicionaria contra los bárbaros) para expulsar de las islas a los emishi, los ainos y a otros grupos que no aceptaban el gobierno del imperio. Con el tiempo, el título se volvió hereditario y el sogún se convirtió en el líder militar y verdadero gobernante tras el trono imperial. Obviamente, esto generó multitud de conflictos internos para alcanzar el poder. En 1185, durante las Guerras Genpei, el clan Minamoto acabó con la vida de casi todos los miembros del clan Taira, que en ese momento ocupaba el sogunato. El clan Minamoto estableció un sistema feudal por ley y el emperador pasó a ser una figura simbólica reverenciada.

Tras la muerte de Minamoto Yoritomo, la familia de su esposa, el clan Hōjō, se hizo con el control del sogunato. Entre otras cosas, Hōjō Tokimune sofocó dos invasiones mongolas, propagó el budismo zen y contribuyó a formular la versión definitiva del código del bushidō. Las invasiones mongolas fueron cruciales en dos aspectos de la historia japonesa: las espadas japonesas solían romperse al impactar con la resistente armadura de los mongoles, motivo por el que los herreros crearon la famosa katana; y esta sería la primera de las tres veces que los samuráis se enfrentarían a un enemigo foráneo (las otras dos son las invasiones de Corea en 1592 y de Ryukyu en 1609).

El clan Hōjō conservó el poder hasta el año 1333, cuando el emperador Go-Daigo, con la ayuda de un grupo de aristócratas, varios clanes de samuráis y algunos monjes budistas, dio un golpe de estado para reinstaurar a la familia imperial. Pero algunos aliados insatisfechos de Go-Daigo se rebelaron en 1336 y expulsaron al emperador a las montañas Yoshino. Durante los 60 años siguientes hubo dos cortes imperiales, la del norte y la del sur, que se dividieron el control de Japón. El emperador del sur era una figura simbólica y el verdadero poder residía en el sogunato Ashikaga. En 1391, las cortes imperiales se reunificaron y el sogún Ashikaga Takauji pasó a ostentar el poder.

Así comenzó el Periodo de los Reinos Combatientes, 150 años marcados por agitaciones sociales, intrigas políticas (no exentas de asesinatos) y conflictos bélicos entre los ejércitos privados de samuráis. Durante esta época, la construcción de grandes castillos, algunos de los cuales aún perduran, se perfeccionó, los guerreros japoneses empezaron a dominar diversas armas (entre ellas los mosquetes, una de las armas de fuego que los comerciantes europeos metieron en el país) y aparecieron los primeros ninjas. Al final, el país quedó prácticamente unificado gracias al gran Oda Nobunaga, que en 1582 fue traicionado y asesinado por uno de sus oficiales de confianza. En 1603, Tokugawa Ieyasu, uno de los samurái más famosos y daimio cercano a Nobunaga, se convirtió en sogún.

En mitad de todo esto, los europeos hicieron acto de presencia. En 1543, un barco portugués rumbo a China acabó en la isla de Tanegashima. A lo largo de los años siguientes, llegaron a Japón comerciantes procedentes de Portugal, España, Países Bajos e Inglaterra, y se establecieron misioneros jesuitas, dominicos y franciscanos para extender su evangelio. El nuevo sogún sospechaba que los puestos comerciales y las iglesias no eran más que la avanzada de una invasión europea. Además, el cristianismo comenzó a propagarse rápidamente, sobre todo entre los campesinos. En 1637, un gran ejército liderado por el sogún acabó con la rebelión Shimabara, formada por más de 30 000 cristianos (en su mayoría campesinos) y guerreros ronin (samuráis libres).

Los sogunes ya habían tenido suficiente. Tras el alzamiento de Shimabara, Tokugawa Iemitsu estableció la primera sakoku (política de aislamiento), y sus sucesores hicieron lo propio durante los 250 años siguientes. Fueron expulsados misioneros, comerciantes y extranjeros en general, excepto algunos chinos y holandeses en la isla de Dejima en Nagasaki. Ningún extranjero podía entrar en el país y ningún japonés podía abandonarlo, y el que lo hacía era condenado a muerte. Los católicos fueron expulsados y sus escuelas e iglesias destruidas; los daimios tenían prohibido convertirse al cristianismo, y los que lo hacían eran condenados (sorpresa) a muerte, que era la pena habitual para casi todas las infracciones.

Quizá como resultado de esta política de aislamiento, durante los 250 del sogunato Tokugawa Japón prosperó social y culturalmente, y vivió un periodo de cierta estabilidad y paz (a punta de katana). Se crearon grandes obras de arte del teatro kabuki y bunraku, y de los grabados en madera ukiyo-e; algunas de las composiciones más famosas de koto y shakuhachi datan de este periodo. Las geishas dejaron de ser simples "animadoras" y se convirtieron en la cúspide de la sofisticación femenina. Gracias al mecenazgo artístico de los samuráis, se refinaron el paisaje y la arquitectura de las islas. La estructura social pasó a ser más estricta y todas las clases eran conscientes de su situación y sus responsabilidades, desde los campesinos (el 85 % de la población) hasta los 250 daimios. El castigo por abandonar el lugar que a uno le correspondía era severo e inmediato. Todo se ritualizó de una manera estricta, desde el simple hecho de tomar el té hasta el suicidio.

El país atravesaba una buena época cuando en 1853 el comodoro Matthew Perry, al frente de cuatro buques de guerra estadounidenses, llegó a la bahía de Edo y exigió que Japón abriese el comercio a Occidente sin restricciones. Un año después, esta vez bajo la amenaza de siete buques, Perry obligó al sogún a firmar la "Convención de Kanagawa". Durante los cinco años siguientes, Japón alcanzó "acuerdos" similares con la mayoría de potencias occidentales. La vergüenza por las imposiciones de los ejércitos extranjeros provocaron la caída del sogunato y el emperador recuperó el poder de facto.

El joven emperador Meiji subió al trono en 1867 e inició un periodo de reformas radicales en el país para equiparar el poderío económico y militar japonés al de las potencias orientales cuyos barcos de guerra navegaban por sus islas. Antes del año 1912, el gobierno abolió el feudalismo, devolvió a los campesinos casi todas las tierras de los daimios, estableció la libertad de culto, promovió el comercio y prácticamente acabó con los samuráis. También fomentó la industrialización e instauró una monarquía constitucional basada en el modelo europeo. En 1873, Japón inició el reclutamiento a nivel nacional y creó el ejército y la Armada del imperio.

Todas estas medidas resultaron muy eficaces; Japón no tardó en convertirse en la principal potencia de la zona y, copiando a otros países occidentales, creó un imperio colonial. En 1894, Japón se enfrentó a la moribunda China por el dominio de Corea. Tras la victoria nipona, Corea y Formosa obtuvieron la "independencia" y Japón se quedó la península de Liaodong y Pescadores, pero las potencias occidentales obligarían a Japón a devolver la península a China, que se la arrendaría a Rusia. Esto provocó la guerra ruso-japonesa de 1904 y una oportunidad para que Japón demostrase que podía vencer a una potencia occidental. Tras la Primera Guerra Mundial, Japón se adueñó de las posesiones alemanas en el Pacífico y Asia. Luego se apropió de Manchuria. Espoleados por la crisis económica y las tasas occidentales, los militaristas totalitarios se hicieron con el control del gobierno. A finales de la década de 1930, las democracias de Occidente y el Japón imperialista estaban al borde del conflicto.

Tras las protestas generalizadas en Estados Unidos por las atrocidades japonesas en China, la ocupación de Indochina tras la derrota de Francia por la Alemania nazi y los enfrentamientos con Rusia en Manchuria, Japón se unió a las hostilidades de la Segunda Guerra Mundial y, en 1941, atacó a Estados Unidos y al Imperio británico. Aunque su intervención comenzaría con éxito, el país nipón saldría derrotado en la Guerra del Pacífico, que acabó en agosto de 1945 tras la devastación sufrida por las bombas atómicas. Sin embargo, bajo la ocupación americana, Japón resurgió de sus cenizas como un hou-ou (fénix japonés) para convertirse en una de las grandes potencias económicas, tecnológicas y culturales del mundo.