Alemania, como tal, no fue una realidad hasta que en 1870 Bismarck convenció a las distintas regiones de que la unión hacía la fuerza. Julio César fue el primero en emplear el término Germania para referirse a las tierras bárbaras situadas a lo largo del Rin desde la "pacífica" Galia. Germania se extendía desde el Rin hasta el Vístula y desde el Báltico hasta el Danubio. Para César, los galos, aunque fueran un pueblo beligerante, podrían adaptarse a la civilización romana; por otro lado, los teutones eran un pueblo salvaje y la única opción era conquistarlos. Con la caída del Imperio romano, todas esas tribus salvajes se convirtieron en pueblos y reinos separados e independientes. Excepto por el idioma (aunque había distintos dialectos que no todos entendían), las costumbres y el hábito de matarse entre ellos, estos pueblos no estaban unificados.

Fue Carlomagno, que en al año 800 había sido coronado emperador de Occidente por el papa León III, quien llevó a cabo la tarea de unificarlos (brevemente). La verdadera unificación llegó en el año 936 con la coronación del duque Otón I como "Rex Teutonicorum" (rey de los germanos) y, posteriormente, con su nombramiento como emperador del Sacro Imperio por el papa Juan XII mediante el "translatio imperii", tras la firma del "Diploma Ottonianum" por el que el papa era reconocido como líder espiritual de la Iglesia católica (así los prelados no podían hacer su propia interpretación de las Escrituras) y el emperador pasaba a ser su protector seglar. Otón dedicó el resto de su vida a apaciguar los "ducados raíz" (los cinco poderosos ducados autónomos que formaban Alemania: Franconia, Baviera, Lotaringia, Sajonia y Suabia), a sofocar rebeliones y a enfrentarse a franceses, magiares, italianos y eslavos.

Tras Otón, los procesos de sucesión de los emperadores fueron complejos. Los reyes germanos eran elegidos por siete príncipes (tres arzobispos y cuatro seglares) como indicaba la Bula de Oro de 1356, aunque los alemanes tardaron 400 años en acordar este método de elección. Antes, la selección del "Rex Teutonicorum" era una especie de anarquía moderada. Gracias a la Guerra de los Treinta Años, se añadió otro elector para que hubiese equilibrio entre protestantes y católicos, y en 1692 se incorporó otro más para evitar empates en las votaciones. En 1803, justo antes de que Napoleón entrase en escena, se reformó la estructura constitutiva del electorado. Una vez elegido el rey, su coronación como emperador del Sacro Imperio por parte del papa era una simple formalidad.

Tras Otón el Grande, hubo emperadores de distintas casas: Sajonia, Salia, Hohenstaufen, Welf, Luxemburgo, Wittelsbach y Habsburgo. Algunos fueron grandes y gloriosos, como Enrique IV o Federico Barbarroja, y otros venales y arrogantes, como Otón IV o Luis IV. Independientemente de sus aptitudes y sus políticas, todos tuvieron que lidiar con cientos de pequeños reinos que defendían sus propios poderes y privilegios.

La situación era inestable y, alrededor de 1040, Franconia se dividió en pequeñas entidades: la ciudad-estado de Frankfurt, los principados-obispados de Maguncia, Espira y Bormes, el "landgrafschaft" (una especie de condado) de Hesse y otros territorios. En el siglo XIII, los caballeros teutones incorporaron Prusia; la ambiciosa nobleza alemana arrebató a los eslavos Bohemia, Silesia y Pomerania.

Aun así, Alemania vivió una época de cierta paz y prosperidad debido en parte a la Liga Hanseática, una alianza de puertos y gremios de banqueros que dominaba el comercio en el Báltico y a lo largo de la costa del mar del Norte. Hacia el oeste, llegaban materias primas como madera, pieles, cereales, minerales y pescado, y hacia el este lo hacían mercancías acabadas. La liga, con sede en la "Ciudad Imperial Libre" (según decreto del emperador Federico II en 1226) de Lübeck, prosperó desde el siglo XIII hasta el XVI, se estableció en ciudades como Colonia, Bremen y Hamburgo, y contó con almacenes y oficinas en puertos remotos como el de Londres y el de Nóvgorod. Durante este periodo, el pueblo alemán disfrutó del mayor nivel de vida de toda Europa y, a pesar de las guerras y la peste, en el año 1500 el país tenía entre cinco y seis millones de habitantes, muchos de ellos artesanos y comerciantes organizados en gremios (algunos de los cuales admitían mujeres).

Las artes florecieron gracias al crecimiento de las ciudades y la buena situación económica. En el siglo XII, la abadesa Hildegarda de Bingen escribió importantes textos médicos, teológicos, poemas litúrgicos, canciones y la obra de teatro "moralista" más antigua del viejo continente. Un siglo después, Walther von der Vogelweide sentó las bases de la poesía lírica europea de la época. En el siglo XV, un orfebre de Maguncia llamado Johannes Gutenberg inventó la prensa de imprenta con tipos móviles. Cuando el pueblo aprendió a leer y reflexionar sobre las proclamas de sus superiores, todo cambió (pasaron un par de siglos hasta que Alemania disfrutó de una tasa de alfabetización prácticamente universal, pero la imprenta fue un punto de partida que propició la Reforma, el Renacimiento nórdico y la revolución científica).

La situación del país transcurrió con normalidad hasta que Martín Lutero tradujo la biblia al alemán (gracias a la imprenta, ahora cualquiera podía adquirir un ejemplar) y, en octubre de 1517, clavó sus 95 tesis ("Cuestionamiento al poder y eficacia de las indulgencias") en la puerta de la iglesia de Todos los Santos de Wittenberg. Poco después, su teología protestante desencadenaría la Guerra de los Campesinos (el mayor alzamiento popular en Europa hasta la Revolución Francesa) y la sangrienta Guerra de los Treinta Años tras el colapso de la Paz de Augsburgo de 1555 (por la que la fe luterana fue legitimada y la fe de una región era la de su gobernante). Desde 1618 hasta 1648, los ejércitos y mercenarios de la Liga Católica y la Unión Protestante masacraron a "infieles" sin desenfreno, y se estima que la población alemana disminuyó entre un 20 % y un 38 % durante esta época de persecuciones religiosas.

Irónicamente, la figura de Martín Lutero forma parte de los anales de la Alemania renacentista junto a artistas de la talla de Alberto Durero, filósofos como Johannes Reuchlin, compositores como Pachelbel y arquitectos como Elias Holl o Hans Krumpper. Los científicos alemanes de los siglos XVI y XVII realizaron grandes aportaciones a la civilización y sentaron unas bases sin igual del descubrimiento, el entendimiento y el mal uso de las ciencias (aunque se trate de un personaje de ficción, uno de los científicos más famosos de la historia, el doctor Frankenstein, estudió en la Universidad de Ingolstadt). Johannes Kepler, de Stuttgart, revolucionó la cosmología; el erudito Gottfried Leibniz desarrolló las matemáticas y fundó la Academia Prusiana de las Ciencias en 1700; y el filósofo Immanuel Kant indagó en las bases científicas de la ética. La astrónoma Maria Winkelmann y la naturalista Maria Merian abrieron el camino para que otras mujeres alemanas se dedicasen a la ciencia. Y con el desarrollo de la imprenta, no faltaban oportunidades para confundir a las mentes influenciables.

A la vez que los artistas y científicos alemanes ilustraban la civilización, el Sacro Imperio romano se derrumbaba. La legislación fue acabando con el feudalismo europeo y empezó a ganar peso una burguesía emergente. En distintos reinos alemanes surgieron nuevas y activas dinastías, entre ellas la casa de Hohenzollern en Brandemburgo-Prusia, la de Wittelsbach en Baviera, la de Welf en Sajonia o la de Hesse-Kassel en Hesse. Todas ellas comenzaron a hacerse notar durante el reinado de los Habsburgo que, aunque eran austriacos, habían sido reyes de Alemania y emperadores del Sacro Imperio desde comienzos del siglo XVI aproximadamente. Incluso cuando el linaje principal desapareció y Carlos VII de Baviera se convirtió en efímero emperador (1742-1745), la casa de Habsburgo-Lorena no tardó en aferrarse al trono. Sin embargo, las ideas reformistas estaban presentes y, aunque tarde, el emperador respondió.

Cuando Federico III necesitó el apoyo de los duques alemanes para financiar sus guerras y elegir a su hijo, Maximiliano I, como rey de Alemania, surgió un frente unido que exigía participar en la toma de decisiones mediante una asamblea de electores y duques que asesorasen y supervisasen al rey en una dieta imperial (el Reichstag). Aunque Federico evitó la convocatoria del primer Reichstag, su hijo, más conciliador o no tan inteligente, convocó la Dieta de Worms. En ella, el rey y los duques aprobaron las cuatro primeras leyes (Reichsreform) para adaptar la estructura del imperio al estado, incluidas la "Paz Eterna" (prohibición de las contiendas feudales entre la nobleza alemana) y el "Penique Común" (impuesto imperial para financiar la nueva estructura). En posteriores dietas se aprobaron más leyes, reformas e impuestos.

A mediados del siglo XVIII, los acontecimientos habían superado todos los intentos por mantener la unión entre el reino de Alemania y el Sacro Imperio romano. Los distintos gobernantes habían conservado sus propios ejércitos y cuerpos diplomáticos, y los empleaban con independencia de los deseos o actos del "rey". En las Guerras de Silesia y la Guerra de los Siete Años, Prusia se ganó el reconocimiento de toda Europa como gran potencia con las ideas del "absolutismo ilustrado". En Baviera y Wurtemberg, los gobernantes no escatimaban en gastos para el palacio, las artes y sus amantes. Los "landgrafschaft" de Hesse-Kassel y Hannover alquilaban a sus mejores soldados como mercenarios para obtener dinero. Finalmente, los duques de Hannover se convirtieron en reyes de Inglaterra y dejaron de interesarse por lo que sucedía en Alemania (Jorge III, rey de Inglaterra durante la Guerra de Independencia americana, jamás estuvo en Hannover).

El final de la ficticia unión y del reino de Alemania llegaría con la Revolución Francesa y las Guerras Napoleónicas. El fantasma de la sangrienta Revolución Francesa aceleró la mediatización y secularización en Alemania. La mediatización consistía en la anexión de las tierras de un estado soberano por parte de otro estado fronterizo, conservando algunos derechos acordados. La secularización era el proceso por el que la nobleza obtenía los territorios gobernados por un mandatario eclesiástico. Desde 1792, la Francia revolucionaria estuvo en guerra con casi todos los estados alemanes, aunque nunca con todos al mismo tiempo. Napoleón disolvió de manera oficial el reino de Alemania y el Sacro Imperio cuando Francisco II de Austria abdicó a principios de 1806, tras la victoria francesa en Austerlitz. Napoleón convirtió lo que había sido la mayor parte del reino de Alemania en la Confederación del Rin, que en 1815 pasaría a ser la Confederación Germánica.