Filho mais velho de Tokiyori, o quinto shikken (regente) do xogunato Kamakura e o verdadeiro comandante do Japão, Tokimune foi reconhecido desde o nascimento como o tokuso (chefe) do clã Hojo, sendo preparado com esmero para suceder o pai. Com 18 anos, ele mesmo virou um shikken, no ano de 1268 d.C. Ao morrer, com 34 anos, Tokimune já havia transformado a essência do Japão.
Imediatamente antes de virar um shikken, Tokimune enfrentou uma crise nacional. O imperador mongol da China, Kublai Khan, enviou um emissário exigindo que o Japão celebrasse um "vínculo tributário" com os mongóis ou encarassem a invasão e conquista do território. Embora diversos integrantes do governo japonês, incluindo membros da família real, defendessem que as duas partes chegassem a um acordo, o jovem regente teve a coragem de recusar a exigência mongol e enviou os emissários de volta (não há registros do estado deles na ocasião).
A mesma exigência foi feita mais quatro vezes pelos emissários mongóis durante os quatro anos seguintes, e Tokimune enviou uma resposta parecida todas as vezes. Prevendo a impaciência dos mongóis, o regente mandou uma tropa japonesa à ilha de Kyushu, ao sul, a fim de se preparar para uma invasão. O conflito começou em 1274, quando cerca de 25 mil soldados mongóis e coreanos conquistaram ilhas pequenas e mais afastadas. Um vento abençoado forçou as tropas mongóis a voltar para casa, dissipando a ameaça... por um tempo.
Apesar da invasão, Kublai era um homem sensato e decidiu enviar mais cinco emissários para negociar a tributação de novo em 1275. Os enviados se recusaram a ir embora sem uma resposta, então Tokimune mandou levá-los para a cidade de Kamakura e decepá-los. Em 1279, mais cinco foram enviados, que sofreram uma sina parecida. A corte imperial, ao ver o que estava acontecendo, decretou que todos os templos e santuários começassem a rezar pela vitória contra os mongóis. Tokimune iniciou a fortificação do litoral em pontos de uma provável invasão.
No verão de 1281, uma força muito mais considerável que a anterior – que dizem ter contado com cerca de 140 mil mongóis e aliados a bordo de aproximadamente 4 mil embarcações – chegou à costa e começou um embate com todo o exército e a marinha do Japão sob o comando de Tokimune. Derrotados no desembarque feito nas ilhas de Tsushima e Shikano, os mongóis finalmente conseguiram conquistar uma base em Iki, mas depois acabaram retrocedendo para a ilha de Hirato. Três dias depois, os japoneses atacaram a frota de invasores, o que causou perdas e preocupações consideráveis – algo tão sério que a maioria dos comandantes mongóis decidiu voltar para a China, deixando cerca de 100 mil soldados sem nenhum líder. Em agosto, aconteceu o famoso tufão kamikaze que assolou as embarcações mongóis durante dois dias, afundando a maioria dos barcos (incluindo o navio que carregava o almirante coreano). Pouco depois disso, os samurais de Tokimune aniquilaram os 100 mil combatentes que ficaram para trás.
O Japão foi salvo e nunca mais recebeu ameaças de uma invasão até o final da Segunda Guerra Mundial. Tokimune pôde se concentrar em outros assuntos... como praticar a meditação zen e construir templos e monastérios budistas, como o que vemos em Engaku-ji, para homenagear os samurais que morreram derrotando os mongóis. Durante sua adolescência e juventude, Tokimune havia defendido a seita Ritsu do budismo, mas ele se converteu à vertente zen em algum momento antes da invasão. O regente era tão fiel à sua fé que, no dia em que morreu, decidiu "fazer a tonsura e virar um monge zen" – embora talvez fosse tarde demais para se transformar em uma pessoa realmente iluminada.
Parcialmente graças à vitória contra os mongóis que foi liderada por Tokimune, o budismo zen começou a se espalhar pelos samurais com bastante rapidez. Talvez alguns deles tenham realmente acreditado nos ensinamentos dessa filosofia, ao passo que outros provavelmente adotaram essa vertente para cair nas graças do shikken. Essa fé trivial de outrora foi disseminada inicialmente entre o povo de Kamakura, a base do poder do clã Hojo, passando à capital imperial de Quioto. Tokimune também vinculou a corrente zen ao código "moral" do bushido (um termo moderno para uma filosofia muito antiga), que promovia a simplicidade, as artes marciais, a lealdade e a "honra até a morte". Após surgir com base no neoconfucionismo, o bushido de Tokimune foi combinado com elementos das vertentes do xintoístas e zen, adicionando uma dose de sabedoria e serenidade para um código cheio de violência. No fim das contas, sob o último xogunato Tokugawa, algumas dessas lições do bushido passaram a integrar a lei feudal do Japão oficialmente.
Além de dedicar santuários aos samurais que haviam caído por causa da horda mongol, Tokimune deu início a diversas iniciativas para ajudá-los de formas mais pragmáticas, embora tenha falecido antes da maioria delas ser colocada em prática (o filho dele, Sadatoki, é quem concluiria essas iniciativas). Concessões de terra (shoen) foram feitas aos oficiais (kyunin) e aos myoshu (proprietários de terra) que ainda não tinham sido recompensados, e as terras que eles tinham vendido ou penhorado para trazer as tropas seriam devolvidas a eles sem penalidades; uma comissão especial tokusei no ontsukai (de "agentes de regra virtuosa") ficaria encarregada de cuidar dos detalhes. Outro edito garantia que as terras dos templos que haviam sido penhoradas seriam devolvidas aos monastérios zen sem nenhum custo para expressar gratidão pelas orações feitas durante o período das invasões.
No entanto, em meio a todas essas liberalidades, Hojo Tokimune faleceu de repente de causa desconhecida após ter adoecido em 1284 d.C. Tokimune prestou serviços heroicos ao Japão e foi idolatrado por isso. Porém, os gastos maciços para combater a invasão e difundir o budismo zen enfraqueceram o xogunato Kanakura e o clã Hojo (ele gastou boa parte da fortuna da família nesses templos), ao ponto deles entrarem em declínio e serem substituídos pela Restauração Kenmu cinquenta anos depois e pelo xogunato Ashikaga logo em seguida.