Las Quejas son penalizaciones diplomáticas que acumulas por actos hostiles o al actuar contra los deseos de otras civilizaciones del juego. Cada civilización lleva la cuenta de sus Quejas contra otras civilizaciones y las tiene en cuenta a la hora de decidir lo bien (o mal) que ven a las demás y sus opciones diplomáticas. Cuando otra civilización tiene muchas Quejas contra ti, las ciudades fundadas por ella te serán menos leales, será menos probable que actúe en tu favor y es posible que las terceras partes te consideren belicoso si sigues atosigando a una civilización.

Casi todas las Quejas se generan en gran cantidad como resultado de una sola acción, pero poseer ciudades enemigas genera una cantidad determinada cada turno. En tiempos de paz entre las civilizaciones, sus Quejas tienden a cero turno tras turno. Las Quejas decaen más rápido en las primeras eras, pero en las siguientes lo harán cada vez más despacio.

Las Quejas se generan a menudo cuando se declara la guerra o se capturan ciudades enemigas. Utilizar un casus belli mitigará algunas de las Quejas generadas por tus acciones durante la guerra. Denunciar a una civilización generará Quejas contra ti. Eliminar a una ciudad-estado generará Quejas contra ti por parte de las demás civilizaciones que conocieran esa ciudad-estado. Si haces caso omiso de la Solicitud de otra civilización o se la deniegas, eso generará Quejas contra ti por su parte. No obstante, si prometes satisfacer una Solicitud y rompes la promesa, eso generará niveles de Quejas aún mayores.

Además, generarás Quejas de los terceros que tengan una relación con la civilización que esté enfadada contigo. Por ejemplo, si haces algo que provoca Quejas por parte de los Estados Unidos contra ti y estos tienen una alianza con Inglaterra, generarás también un porcentaje de esas Quejas con Inglaterra.