进入文艺复兴时代后便可开始使用间谍。可从特定的科技或市政中获得间谍，也可以在任何城市招募间谍，但无法使用 金币或 信仰值购买。间谍最初为“新人”等级，成功完成进攻性行动或俘获敌方间谍后即可升级。达到第2级时间谍便能获得强化。

间谍的移动方式与其他单位不同。他们使用各种方式在城市之间移动，每位间谍都有自己的移动时间，但其无法移动至盟友的城市。驻扎在城市中后，间谍便可前往特定区域，开始执行任务。任务包括盗取科技提升、创建叛徒单位，或单纯提升外交能见度。每种任务都需要花费一定时间，产生的结果也不尽相同。您的间谍可能会被杀死或俘虏；也可能任务失败但却并未暴露；最好的结果便是成功完成任务且未暴露。

每个文明可拥有5名间谍。使用凯瑟琳进行游戏可拥有6名间谍。

建筑“情报局”建造在市政广场中，可额外增加1名间谍和1个间谍容量。