防御协定是两位领袖之间的协议，旨在其中一方成为战争目标时进行互相帮助。获得“动员”市政即可将其解锁，双方必须皆拥有此市政才能达成防御协定。如果防御协定中的一方成为战争目标，另一方也会对侵略者宣战。防御协议在“交易”谈判桌上达成。签订此协议前，双方领袖先结为同盟。

在一些情况下，防御协定不会自动导致文明卷入战争。举例而言，吉尔伽美什和克利欧佩特拉之间拥有防御协定，而佩德罗和彼得之间也拥有防御协定。吉尔伽美什对佩德罗宣战后，防御协定将会导致彼得对吉尔伽美什宣战。然而克利欧佩特拉却不会自动对佩德罗或彼得宣战。紧急状况同样不会触发防御协定效果。再次用以上为例，如出现针对佩德罗的紧急状况，吉尔伽美什对佩德罗宣战，则彼得不会自动对吉尔伽美什宣战。