A Babilônia surgiu da Mesopotâmia, a terra entre os rios Tigre e Eufrates, a sudoeste da atual Bagdá, por volta de 2000 a.C. Na época, o povo não era conhecido como babilônio, mas amorita. Um chefe chamado Sumuabum declarou seu povo independente da cidade-estado vizinha, Kazallu, e fundou a primeira dinastia babilônica. Mas a Babilônia foi uma cidade-estado de menor importância até o reinado de seu governante mais famoso, Hamurabi.

Hamurabi aprimorou a infraestrutura da Babilônia e ampliou suas fronteiras por meio de uma série de alianças, traições e conquistas. Ele dominou seu império com um conjunto de leis compiladas no Código de Hamurabi, que detalhava o crime e as punições. Eles foram muito específicos e racionais: a maioria de nós conhece a expressão "olho por olho, dente por dente", originada do código, mas eles também detalham a punição por roubo (roubar um boi incorre uma multa de trinta vezes o preço original), erro médico e outras contravenções. Um aspecto importante do Código é que ele contém a presunção de inocência até prova em contrário, algo inovador para a época.

Embora Hamurabi muitas vezes se ausentasse em campanhas militares, ele continuava comandando a distância, o que lhe permitia manter um toque pessoal em seu império em rápida expansão. Ao final do seu reinado de quarenta e dois anos, ele controlava todo o sul da Mesopotâmia. A cidade da Babilônia foi estabelecida como capital desse império e tornou-se o centro da riqueza e do poder na Mesopotâmia.

A Babilônia entrou em decadência após a morte de Hamurabi em 1750 a.C. Nenhum de seus sucessores teve igual visão, alianças ou poderio militar para manter unido esse imenso império (pelo menos nenhum deles foi divinizado em vida como Hamurabi havia sido — era um legado difícil de superar). O sucessor imediato de Hamurabi, Samsuiluna, testemunhou o início do colapso do império que Hamurabi construíra. Os assírios resistiram às expansões de Hamurabi, e os sucessores dele não conseguiram manter as fronteiras, novamente reduzindo a Babilônia a uma cidade-estado menor.

Durante os séculos seguintes, a Babilônia foi derrubada, saqueada e conquistada várias vezes. As perdas de produção agrícola, a falta de um líder forte e os conflitos externos tornaram difícil para a cidade recuperar a estabilidade, mesmo dentro dos seus limites. A terra passou pelas mãos dos hititas, dos cassitas, dos caldeus, dos arameus e, finalmente, dos assírios. Sob domínio cassita, a Babilônia conseguiu recuperar certa prosperidade (sob o nome de "Karanduniash"), especialmente nos campos da matemática, medicina e astrologia. Eles dominaram a cidade por mais de quatrocentos anos, até que ela foi tomada por outro conquistador.

Mais para o final do domínio assírio da Babilônia, no reinado do rei assírio Senaqueribe, a Babilônia via-se perpetuamente mergulhada em agitações e rebeliões, e Senaqueribe concluiu que só seria possível pôr fim nelas arrasando a cidade. A cidade ardeu em chamas. O rei derrubou as paredes e destruiu a cidade, seus palácios e templos religiosos. Os próprios filhos de Senaqueribe ficaram chocados com as ações do pai, e o assassinaram como penitência; então, ajudaram a reconstruir a cidade.

O rei Nabopolassar, da Caldeia, começou a reconstruir novamente a cidade em 612 a.C. Ele começou fazendo alianças, e seu filho, o rei Nabucodonosor II, desenvolveu a Babilônia a ponto de se tornar uma das mais belas maravilhas do mundo antigo. Em um sopro de inspiração arquitetônica, Nabucodonosor construiu o zigurate Etemenanki e o portão de Ishtar. Dizem que ele também encomendou os Jardins Suspensos da Babilônia para sua esposa, embora o local nunca tenha sido confirmado.

Como muitas outras regiões por volta de 500 a.C., a Babilônia foi conquistada pelo persa Ciro, o Grande. Nos reinados de Ciro II e Dario I, a Babilônia tornou-se a capital da 9ª satrapia, ou província, e a capital administrativa do Império Persa. Novamente se tornou uma cidade atraente para acadêmicos e artistas. Durante dois séculos, a cidade prosperou. Contudo, com o tempo, começaram a surgir revoltas, principalmente depois do aumento de impostos sem melhorias de infraestrutura que o justificassem.

A Babilônia foi conquistada por Alexandre, o Grande, que novamente levou riqueza e conhecimento à cidade. Durante doze anos, as eras de ouro pregressas ecoaram pela região. Após a morte de Alexandre e a imprudente divisão de seu império entre vários generais, juntamente com a "transferência" de parte da população, a cidade-estado novamente mergulhou na insignificância comercial.

Apesar dos ciclos de conquista, destruição e posterior reconstrução, a Babilônia permaneceu firmemente enraizada em nossa memória histórica graças aos seus períodos de proeminência acadêmica e arquitetônica. Sejam verídicos ou não os Jardins Suspensos da Babilônia, a cidade contou com outras maravilhas arquitetônicas. Apesar dos períodos de conquista, a Babilônia nunca foi completamente arrasada ou coberta de sal. Em vez disso, os conquistadores, até certo ponto, permitiram a conservação de determinados aspectos. Ainda podem-se encontrar partes do portão de Ishtar, tabuletas e até mesmo pisos no antigo território, no atual Iraque, esperando para serem desenterrados e, talvez, reconstruídos.