Lojalność określa stopień oddania miasta twojej cywilizacji. Z każdym miastem związany jest wskaźnik lojalności o wartości od 0 do 100, który mówi o tym, jak bardzo jego mieszkańcy chcą pozostać częścią twojej cywilizacji. Gdy poziom lojalności miasta spadnie poniżej 75, dochody generowane przez miasto oraz tempo jego rozwoju zmniejszą się o 25%. Gdy poziom lojalności spadnie poniżej 25, dochody miasta maleją o 50%, a tempo jego rozwoju o 75%. Poziom lojalności równy 0 oznacza bunt i przeistoczenie się miasta w wolne miasto. Wolne miasto nie należy do żadnej cywilizacji i będzie broniło się przed napaścią. Gdy lojalność wolnego miasta spadnie do 0, uzna ono swój eksperyment z niezależnością za nieudany i zacznie szukać cywilizacji, która zechce przyłączyć je do swego imperium. Wolne miasto zwraca się w pierwszej kolejności do cywilizacji, która w okresie jego niezależności wywierała na nie największy nacisk lojalnościowy. W ten sposób można pozyskać (lub odzyskać) wolne miasto w sposób pokojowy.

Poziom lojalności zmienia się w każdej turze i zależy od wielu czynników, wśród których najważniejszym jest nacisk obywateli mieszkających w mieście lub w jego pobliżu. Jeśli nacisk twoich obywateli przewyższa wpływ innych cywilizacji, lojalność miasta wzrośnie (do +20 punktów na turę). W przypadku gdy nacisk innych cywilizacji jest silniejszy, lojalność miasta zmaleje (do -20 punktów na turę). Bazowy nacisk każdego obywatela wynosi 1 punkt, ale wartość ta może ulegać zmianie, na przykład nacisk mieszkańców stolicy jest większy o 1 punkt. W czasie złotej i heroicznej ery nacisk każdego obywatela jest zwiększony o 0,5 punktu. Ciemny wiek oznacza zmniejszenie tego wskaźnika o 0,5 punktu. Nacisk obywateli wpływa na wszystkie miasta w promieniu 9 pól, ale jego skuteczność maleje wraz ze wzrostem odległości o 10% na pole.

Gubernator zarządzający miastem i poziom zadowolenia to kolejne ważne czynniki wpływające na lojalność miasta na turę. Poza tym miasta zdobyte siłą otrzymują karę do lojalności, której wysokość zależy od liczby uraz żywionych przez pierwotnego właściciela miasta wobec zdobywcy. Karę tę można zniwelować, utrzymując w mieście garnizon z jednostką wojskową. Użyj filtra lojalności, aby uzyskać informacje na temat czynników wpływających na lojalność – w tym o nacisku pobliskich miast. Ich pełne zestawienie znaleźć można w sekcji „Lojalność i gubernatorzy” panelu „Szczegóły miasta”.

Miasto otrzymuje +3 do lojalności, jeśli wyznaje religię założoną przez swojego właściciela, lub -3 do lojalności, jeśli dominuje w nim religia innego gracza.