Gracze mogą wykorzystywać gubernatorów do zarządzania miastami poprzez:
powoływanie gubernatorów dysponujących wyjątkowymi zaletami i umiejętnościami,
przypisywanie powołanych gubernatorów do konkretnych miast,
używanie specjalnych umiejętności urzędujących gubernatorów w celu uzyskania wyjątkowych efektów w zarządzanych przez nich miastach,
używając urzędujących gubernatorów w celu zwiększenia lojalności w zarządzanych przez nich miastach.

Istnieje 8 gubernatorów, których można zatrudnić i awansować:
Amani „Dyplomatka”
Liang „Planistka”
Magnus „Zarządca”
Moksza „Kardynał”
Pingala „Dydaktyk”
Reyna „Finansistka”
Wiktor „Kasztelan”
Ibrahim „Wielki wezyr” (unikalny gubernator Sulejmana)

Powoływanie gubernatora:
Gubernatorów można zyskać i awansować dzięki tytułom gubernatora. Tytuły gubernatora odblokowywane są w trakcie rozgrywki głównie dzięki drzewu idei, ale również poprzez wznoszenie placu rządowego i jego budowli oraz cudu Casa de Contratación. Powołanego gubernatora można przypisać do wybranego miasta, w którym będzie pełnił swoje obowiązki. Gracz może posiadać tylko jednego gubernatora danego typu, a w mieście może urzędować tylko jeden z nich.

Awansowanie gubernatora:
Gracze mogą wykorzystywać tytuły gubernatora do awansowania powołanych gubernatorów. Każdy gubernator dysponuje unikalnym drzewem awansów. Wybór awansu odblokowuje dostęp do nowej umiejętności, którą gubernator może wykorzystać w zarządzanym przez siebie mieście.

Efekty gubernatora:
Gubernatorzy mogą wpływać na miasta, do których zostaną przypisani, na wiele sposobów:
wzmacniając w mieście tożsamość swojej cywilizacji, co zwiększa lojalność jego mieszkańców,
stosując specjalne umiejętności w miastach, w których obejmą rządy.

Obejmowanie urzędu:
Między chwilą przypisania gubernatora do miasta a objęciem przez niego rządów następuje okres przejściowy, w którym urzędnik tworzy dekrety, proponuje zmiany i wzmacnia swoje wpływy. Długość okresu przejściowego zależy od gubernatora. Gdy gubernator, który objął rządy, opuści swoje miasto, jego ustabilizowanie zacznie maleć. Po objęciu rządów zaczynają działać specjalne umiejętności gubernatora – zarówno podstawowa, jak i te uzyskane dzięki awansom. Umiejętności te są pasywne, co oznacza, że nie wymagają ręcznej aktywacji, a ich efekty utrzymują się przez cały okres urzędowania gubernatora.

Zmiana miasta gubernatora:
Czasem w trakcie rozgrywki zachodzi potrzeba zmiany miasta, którym zarządza gubernator. Można tego dokonać w każdej chwili, lecz nie należy zapominać o okresie przejściowym między przypisaniem do miasta, a objęciem w nim rządów. Jeśli gubernator zostanie przypisany do miasta, w którym urzęduje już inny gubernator, dotychczasowy zarządca zostanie odesłany do puli dostępnych gubernatorów oczekujących na nowy przydział.

Większość gubernatorów można przypisać wyłącznie do miast należących do ich cywilizacji. Od tej reguły są jednak dwa wyjątki. Pierwszym jest dyplomatka, która może objąć rządy również nad miastem-państwem, z którym jej cywilizacja nie prowadzi wojny. Drugi wyjątek to Wielki Wezyr – unikalny gubernator władcy Turków osmańskich, Sulejmana. Możne on objąć rządy nie tylko nad miastami należącymi do Sulejmana, ale również nad stolicą innej cywilizacji. Ani dyplomatka, ani Wielki Wezyr nie mogą objąć rządów nad miastami gracza, z którym ich cywilizacje prowadzą wojnę.