忠誠心の低下によって元の文明から離脱した都市は自由都市となります。都市国家と違い、機会があれば主要文明に加わりたいと考えています。自由都市の忠誠心は通常の都市と同じように上下し、他文明からの圧力を受けます。この忠誠心が0になると、独立後に最も大きな圧力を忠誠心にかけてきた文明に加わります。これはつまり、自由都市を引き入れようとすれば、他文明との競争になるということです。誰よりも大きな圧力をかければ、その都市の忠誠心をつかみ、自文明に取り込める可能性が高まります。

自由都市は略奪を受けた施設を修復し、自衛のためにユニットを生産します。防衛のために防壁を建設することもあります。攻撃を受けた場合、相手の文明に属する都市に反撃を試みようとします。それ以外の場合は、みずからの利益や関心にかなった行動をとります。そうしながら、どの文明が自分たちにとって最も魅力的か、見極めるのです。