ゲームが進んで時代が変わると、文明が黄金時代や暗黒時代に突入することがあります。他の文明よりうまく立ち回るか、歴史的瞬間を多く達成していると、黄金時代を迎えやすくなります。反対に、ひどく遅れをとった場合は暗黒時代に陥りやすくなります。

黄金時代は大いなる繁栄の時代です。忠誠心が低下するペースが通常より緩やかになります。また、より多くの都市が自国にとどまりやすくなりますし、近隣にある他の文明の都市が傘下に入ることを願い出る場合もあります。さらに、次の時代に向けて「公約」を選ぶこともできます。公約は強力なボーナスであり、文明の特定分野に適用されます。ただし、ひとたび黄金時代を迎えると、再び黄金時代に入ることが難しくなるばかりか、暗黒時代に陥りやすくなってしまうので、注意が必要です。

暗黒時代は難しい舵取りを迫られる苦難の時代です。自国の忠誠心が低下するペースが通常よりも早くなります。その結果、文明の外縁部にある都市が離反して独立しやすくなりますし、他のプレイヤーに征服され、相手文明に取り込まれる可能性もあります。こうした事態を防ぐには、 総督をうまく使うか、手放す (そして後で取り戻す気持ちを込めて) 都市を戦略的に選ぶとよいでしょう。

たとえ暗黒時代に陥っても、英雄時代に入れる可能性があるので、過度な心配や焦りは不要です。暗黒時代に陥った後は黄金時代に入りやすくなり、黄金時代の基準値を突破すれば英雄時代へと突入します。英雄時代では、公約を3つも選べます！ こうしたメリットをうまく活かせば、黄金時代を続けているプレイヤーを追い抜くこともできるに違いありません。

時代スコアが暗黒時代の基準値を上回っても、黄金時代に入るには不十分だった場合は、通常の時代になります。通常の時代でも公約を1つ選べますが、それを除けばボーナスもペナルティも発生しません。

暗黒時代には、特別な「暗黒時代の政策」を使えます。こうしたワイルドカード政策は暗黒時代から抜け出す切り札になりますが、代償をともなうので注意が必要です。たとえば、「孤立主義」は自文明の都市を結ぶ 交易路にボーナスをもたらしますが、開拓者の生産や購入、都市の建設ができなくなります。

通常の時代と暗黒時代には、公約を達成することで時代スコアを高め、のちに黄金時代が到来する可能性を高められます。