Les bonus octroyés par une cité-état dépendent du nombre d' émissaires s'y trouvant. Vous obtenez des émissaires avec le temps, en accumulant des points d'influence via les gouvernements et les doctrines, ou instantanément en complétant certains dogmes. Une fois un émissaire débloqué, un message vous demande vers quelle cité-état vous souhaitez l'envoyer. Si vous en avez plusieurs, vous pouvez les envoyer dans plusieurs cités-états.

Si vous déclarez directement la guerre à une cité-état, tous les émissaires qui s'y trouvent disparaissent ; sinon, ils y restent en permanence. Les émissaires présents dans une cité-état sont visibles de tous les joueurs et leur présence peut avoir des conséquences diplomatiques. Les bonus octroyés dépendent du nombre d' émissaires présents, sans tenir compte des émissaires envoyés par les autres joueurs. Les cités-états de même type fournissent le même type de bonus, et ceux-ci sont cumulatifs, donc plus vous envoyez d' émissaires dans une cité-état, plus ils sont importants. Chaque émissaire placé dans une cité-état étend les frontières de celle-ci d'une case.

Réussir une opération d'espionnage de provocation de scandale entraînera la disparation des émissaires d'un rival de la cité-état ciblée.