Bien que légendaire aujourd'hui, la reine Himiko a très certainement existé. Elle régnait sur la région du Yamatai, dans les îles que les Chinois appelaient Wa (le Japon actuel). D'après les archives chinoises, Himiko fit parvenir des offrandes au royaume de Wei, province le plus au nord parmi les trois états qui constituaient la Chine au troisième siècle. Dans ces documents, Himiko est surnommée "la reine des Wa et amie de Wei" par l'empereur.
Si l'histoire d'Himiko est intéressante, c'est notamment car elle fut accusée de sorcellerie. Des sources chinoises racontent qu'elle aurait ensorcelé tous les habitants des Wa pour les soumettre à sa volonté, et qu'elle aurait vécu dans un immense château qu'elle quittait rarement, servie et protégée exclusivement par des femmes (à l'exception d'un homme, chargé de lui apporter ses repas). Cette réputation mystique est corroborée par les archives japonaises, qui identifient Himiko à un certain nombre de divinités : la haute chamane de la déesse japonaise du soleil Amaterasu, ou l'épouse chamanique d'un serpent divin. Dans cette deuxième histoire, Himiko, alors appelée Yamato-toto-hi-momo-so-bime no Mikoto, vivait un mariage heureux avec un être clairement divin, mais qui ne lui rendait visite que la nuit. Elle le supplia un soir de rester jusqu'au matin de façon à pouvoir le voir sous les rayons du soleil, mais il se déroba. Elle finit malgré tout par le convaincre, et il lui dit qu'elle le verrait dans sa trousse de toilette, mais qu'elle devait promettre de ne pas être choquée par son apparence. Le matin suivant, lorsqu'elle ouvrit sa trousse, elle y trouva un magnifique serpent blanc enroulé sur lui-même. Himiko cria de peur, et le dieu serpent reprit sa forme humaine. En colère, il lui dit qu'il l'avait prévenue de ne pas réagir, et qu'il n'avait donc pas d'autre choix que de la quitter. De douleur, Himiko se donna la mort d'un coup de poignard.
Le large éventail d'histoires autour d'Himiko dresse le portrait d'une femme extraordinaire. Elle associait les caractéristiques d'une reine et d'une chamane, ce qui devait largement perturber les chroniqueurs de l'époque, enclins à la plus grande patriarchie. Les détails de sa vie révèlent l'emprise presque surnaturelle que peuvent avoir les personnages charismatiques. Dans les représentations populaires au Japon, elle est parfois séductrice, et parfois reine sage et avisée, mais elle reste toujours aussi populaire.