Eine freie Stadt ist eine, die ihre ursprüngliche Zivilisation aufgrund gesunkener Loyalität verlassen hat. Es handelt sich nicht um Stadtstaaten, denn meistens wollen sie wieder einer der großen Zivilisationen im Spiel beitreten. Eine freie Stadt verfügt genau wie jede andere über Loyalität und reagiert auf Loyalitätsdruck aus anderen Zivilisationen. Wenn ihre Loyalität auf 0 sinkt, tritt sie der Zivilisation bei, die den größten Loyalitätsdruck auf sie ausgeübt hat, seit sie unabhängig wurde. So kommt es zu einem Wettstreit zwischen den Zivilisationen, die eine freie Stadt in ihr Reich locken wollen. Maximiert Euren Loyalitätsdruck für eine Chance darauf, diese Stadt für Euch zu gewinnen.
Eine freie Stadt repariert geplünderte Modernisierungen und erzeugt Einheiten, die sie verteidigen. Sie kann auch Mauern bauen, um sich zu schützen. Wenn sie von einer Zivilisation angegriffen wird, versucht die freie Stadt, gegen eine Stadt der jeweiligen Zivilisation zurückzuschlagen. Andernfalls gehen ihre Bürger ihrem Tagesgeschäft nach und warten ab, welche Zivilisation der Welt für sie die attraktivste sein wird.