日內瓦最初建於山上，在這裡舊石器時代的遊牧民可以俯瞰美麗的湖泊，西元前500年左右，日內瓦成為凱爾特人的要塞城，西元前121年，被羅馬人佔領。在1033年被德國佔有以前，日內瓦的所有權一直在交戰的鄰國之間變換。那個時候，城市的主教作為地方既定君主，是聖羅馬帝國皇帝的直系家臣，所以日內瓦變成了重要的教會所在地。

由於教會和國家權力劃分得不夠明確，接下來五個世紀裡，薩伏依公爵和天主教教皇對日內瓦的權力進行不斷爭奪。當最後一任掌權主教於1533年逃離日內瓦時，日內瓦市民做出了一個冒險的舉動：它試圖擺脫天主教徒和薩瓦人的統治——日內瓦與伯恩的新教國家結盟並於1536年宣佈日內瓦是新教主權國家。接下來的幾年裡，它仍然是新教信仰的大本營，儘管到了17世紀初，有些人已經重新信仰天主教了。

久而久之，日內瓦成為了一個科學學習和研究中心。1559年，約翰•加爾文成立了日內瓦學院（後來的日內瓦大學），作為「人道主義」的神學院。不久後，各式各樣的科學家來到這裡，並發現了有趣的事物——像地質學家先驅尚–安德烈•德呂克、物理學家菲爾曼•阿鮑齊特和生物學家弗朗索瓦•胡貝爾。1909年，該大學授予阿爾伯特•愛因斯坦第一個榮譽博士學位。最近的沃納•亞伯（1978年諾貝爾醫學獎得主）和位於日內瓦市西北郊的歐洲核子研究委員會第一任主任費利克斯•布洛赫都是日內瓦人。日內瓦甚至還建有歷史科學博物館，以紀念起源於這座城市的一切科學進步。