Na configuração de partida, os jogadores podem ativar o modo de jogo Sociedades Secretas, introduzindo forças novas, poderosas e misteriosas no mundo.

Há quatro Sociedades Secretas agindo nas sombras ao redor do mundo. Para fazer contato, procure uma Sociedade onde ela pode ter uma influência oculta: Postos Avançados bárbaros, Aldeias Tribais, Maravilhas da Natureza ou Cidades-Estados. Não é garantido que você vá descobrir, porém é mais provável encontrar uma Sociedade que não foi descoberta pelos outros jogadores, ou em continentes onde nenhuma Sociedade ainda foi descoberta.

As Corujas de Minerva são um grupo secreto de indivíduos importantes e abastados. Eles têm como foco o governo, o comércio e a espionagem. Tente fazer contato mandando Emissários para Cidades-Estados em que você não possui Emissários atualmente.

A Ordem Hermética é uma sociedade de cientistas e alquimistas heterodoxos. Seu trabalho tem como foco a ciência, Grandes Personalidades e recursos. Tente fazer contato descobrindo Maravilhas da Natureza.

Os Cantores do Vazio são um culto niilista de deuses ancestrais sombrios. Eles têm como foco a religião, as relíquias e a (des)lealdade. Tente fazer contato investigando Aldeias Tribais.

O Pacto de Sangue possui um doentio apetite de sangue. Eles têm como foco a construção de um exército forte. Tente fazer contato capturando Acampamentos Bárbaros.

Outra opção é alcançar o nível Secreto de visibilidade diplomática em outro jogador para fazer contato automaticamente com a Sociedade dele. Quando você fizer contato com uma Sociedade, poderá ver quais outros líderes são membros dela visitando a tela de diplomacia, mesmo se não entrar nela.

Fazer contato com uma Sociedade Secreta é só o primeiro passo. Isso desbloqueia um Governador exclusivo com bônus poderosos, e que você não precisa indicar para uma cidade. Para tornar-se um membro pleno da Sociedade, indique o Governador correspondente. Quando você se torna membro de uma Sociedade, fica preso a ela pelo restante da partida.

Alianças com jogadores que são membros da mesma Sociedade geram pontos de aliança mais rapidamente, e esses jogadores terão uma melhor opinião de você na diplomacia. Jogadores que são membros de Sociedades diferentes, contudo, não gostarão de você após ficarem cientes de sua filiação.

Cada Governador tem quatro promoções, desbloqueadas sequencialmente. Ao contrário das promoções normais de Governador, o efeito de uma promoção só é revelado após conseguir a promoção anterior. (Se você não gosta de surpresas, continue lendo a Civilopédia.)

Sociedades Secretas precisam de muitas gerações para preparar seus planos; portanto, nem todas as promoções ficam disponíveis imediatamente. A segunda promoção fica disponível quando o jogo entra na Era Medieval. A terceira fica disponível na Era Industrial. A última fica disponível na Era Atômica.