La Réforme protestante, mouvement qui allait diviser l'Europe chrétienne, commença par une révolte en Allemagne contre la doctrine et les pratiques catholiques, notamment ses notions de salut, de justification et d'interprétation de la bible. Malgré quelques différences, les mouvements protestants restent fidèles à deux dogmes : d'abord, la bible, et non son interprétation par le pape, doit être l'unique source d'autorité pour les chrétiens. Ensuite, le salut ne peut venir que d'une relation personnelle avec Jésus-Christ, et non par le biais d'un intermédiaire désigné par l'Église.

En 1517, s'inspirant des textes d'humanistes érudits, Martin Luther, un prêtre allemand de l'université de Wittenberg, publia ses 95 thèses mettant en cause certaines pratiques de l'Église catholique. Suivant son exemple, d'autres penseurs libéraux émirent leurs propres critiques à l'encontre de l'Église, et l'évangélisme luthérien se propagea bientôt en Allemagne et en Scandinavie. En Suisse, une réforme fut aussi conduite par Jean Calvin. Ailleurs, et notamment en Angleterre, la politique se mêla à la religion, et de nouvelles églises protestantes virent le jour, bien que la passion du roi Henri VIII pour Anne Boleyn soit davantage à l'origine du schisme anglican que ses convictions religieuses.

Ce schisme dans la foi catholique allait déclencher une série de guerres de religion, au cours desquelles des chrétiens massacrèrent d'autres chrétiens et dont les échos résonnent encore aujourd'hui. Malgré de nombreuses divisions et dissensions au sein du protestantisme, ses très nombreuses formes rassemblent environ 670 millions de fidèles.