Lors de la configuration de la partie, vous pouvez activer le mode Sociétés secrètes, qui ajoute des forces occultes et influentes tapies de par le monde.

Quatre sociétés secrètes opèrent en grand secret de par le monde. Pour les contacter, cherchez les sociétés là où leur influence pourrait se faire ressentir : campements barbares, villages tribaux, merveilles naturelles ou cités-états. La découverte n'est pas garantie, mais vous aurez plus de chances de découvrir une société encore non découverte par d'autres joueurs, ou d'en découvrir sur des continents où aucune société n'a été découverte.

Les Chouettes de Minerve sont un groupe secret réunissant des individus riches et haut placés. Elles se concentrent sur le gouvernement, le commerce et l'espionnage. Pour tenter d'entrer en contact, envoyez des émissaires dans les cités-états où vous n'avez actuellement pas d' émissaires.

L'Ordre cabalistique est une société de scientifiques et d'alchimistes peu orthodoxes, travaillant avant tout sur la science, les personnages illustres et les ressources. Pour tenter d'entrer en contact, découvrez des merveilles naturelles.

Les Chanteurs du néant forment une secte nihiliste consacrée à d'anciens dieux des ténèbres. Ils se concentrent sur la religion, les reliques et la loyauté... ou plutôt son absence. Pour tenter d'entrer en contact, explorez des villages tribaux.

Les membres du Pacte du sang partagent un appétit malsain pour le sang. Ils cherchent avant tout à former une armée puissante. Pour tenter d'entrer en contact, détruisez des campements barbares.

Vous pouvez également atteindre le niveau de visibilité diplomatique Secret avec un autre joueur pour contacter automatiquement sa société secrète. Une fois le contact établi, vous pourrez voir quels autres dirigeants en sont aussi membres via l'écran diplomatique, même si vous ne la rejoignez pas.

Contacter une société secrète n'est que la première étape. Vous obtiendrez un gouverneur exclusif disposant de puissants bonus, que vous n'aurez pas besoin d'assigner à une ville. Pour devenir un membre à part entière de la société, nommez le gouverneur correspondant. Lorsque vous devenez officiellement membre, vous demeurerez lié à cette société jusqu'à la fin de la partie.

Les alliances de joueurs membres de la même société génèrent plus rapidement des points d'alliance, et ces joueurs auront une meilleure opinion de vous en termes de diplomatie. En revanche, les joueurs membres d'une autre société ne vous apprécieront guère, une fois qu'ils connaîtront votre affiliation.

Chaque gouverneur peut obtenir quatre promotions, à débloquer l'une après l'autre. Contrairement aux promotions de gouverneurs classiques, l'effet d'une promotion est uniquement révélé lorsque vous obtenez la promotion précédente (si vous préférez savoir à quoi vous en tenir, continuez à lire la Civilopédia).

Les sociétés secrètes doivent manigancer pendant des générations pour préparer leurs plans, les promotions ne sont donc pas toutes disponibles immédiatement. La deuxième est accessible lorsque vous entrez dans le Moyen-âge, la troisième à l'ère industrielle et la dernière à l'ère atomique.