在遊戲設定中，玩家可開啟「祕密結社」遊戲模式，將強大又神秘的新勢力帶到世界中。

傳聞世界上有四個祕密結社在暗中運行，若要與其聯絡，就必須在祕密結社影響力的蟄伏之地尋覓：蠻族營地、部落村莊、自然奇觀或城邦。雖然未必保證能尋獲，但是尚未遭到其他玩家發現的結社會比較好找，在沒有發現結社的大陸上也比較容易發現他們。

米娜瓦之夜鷹是由一群位處高位且有權有錢的人所組成之結社。他們將心力投注在政體、貿易及間諜任務上。 派遣 使者前往你目前未派駐 使者的城邦，試圖藉此來進行接觸。

黃金黎明協會是由不循正統的科學家及煉金術士所組成之結社。其心力主要投注於科學、偉人和資源上。 試圖透過探索自然奇觀來進行接觸。

虛空遊吟者是一支崇拜黑暗古老神指的虛無邪教。他們將心力投注在宗教、遺物及（消除）忠誠度上。 試圖透過調查部落村莊來進行接觸。

血色契約的成員皆有著不甚健康的嗜血慾望。他們將心力投注在打造強大的軍事上。 試圖透過佔領蠻族營地來進行接觸。

另外，若你和另一名玩家的外交能見度達到 「機密」等級，便可自動和那名玩家的結社進行接觸。而當你開始和某結社接觸後，即便未加入其中，透過外交畫面仍可查看其他領袖是否為其成員。

與某個祕密結社進行接觸只是第一步，這動作可解鎖一個特殊的 行政長官，其具有強大加成且不需要指派到城市。若要完全成為結社中的一員，玩家必須要指派對應的行政長官。一旦成為結社成員後，你在剩餘遊戲中便會永久隸屬於該結社。

與隸屬相同結社的玩家結盟可更快生產同盟點數，而這些玩家對你的外交評價也會有所改善。但隸屬於不同結社的玩家若是發現你的所屬結社，便會立刻對你產生厭惡。

每個 行政長官可逐步解鎖4項強化。此強化與一般的行政長官強化有所不同，每個強化效果必須在玩家獲得前一個強化時才會顯示。（若想提前獲得資訊，可持續閱讀文明百科。）

祕密結社若想實現規劃，往往需要經過數代人的合作，所以並非全部強化都能立即獲得。當遊戲進入中世紀時，玩家便能獲得第二項強化；第三項強化則能在工業時代獲得；最後一項則能在原子能時代獲得。