在遊戲設置中，玩家可打開「末日」遊戲模式。此模式災難的嚴重程度高於尋常，並且擁有全新的積分競賽和單位。玩家甚至還能目睹星球和文明遭到彗星撞擊，見證世界末日的來臨。

「末日」遊戲模式加入了新單位「卜術士」。此單位擁有製造自然災害的特殊能力。將其帶到適當的位置並使用「造成災害」行動即可在附近的單元格中引發洪水、風暴、核事故或大火。此行動將生成少量二氧化碳，加快氣候變遷。

卜術士只能以 信仰值購買且可進行護送。每次升級後，便可獲得更多造成災害次數。卜術士無法獲得經驗值，而是透過全新的積分競賽來解鎖新升級。

卜術士獲得升級的方法便是參加「安撫眾神」積分競賽。此競賽將會在遊戲進程中出現，玩家可以使用卜術士犧牲火山附近的戰鬥單位，從而獲得分數。如玩家獲得高分，則能為當前和未來的卜術士獲得升級。獻祭單位將生成少量二氧化碳，加快氣候變遷。

「末日」遊戲模式專屬的兩個全新災難：
閃焰：太陽輻射轟炸全世界，損傷與電力相關的建築和改良設施、掠奪特定的區域，並傷害遊戲後期的單位
彗星撞擊：彗星撞地球，摧毀撞擊區的一切，城市也無法倖免

氣候變遷達到極點後，如彗星撞擊等破壞性強大的恐怖災難將更為常見。此時，玩家需要儘快達成勝利，否則世界末日便會來臨。