描述斯德哥尔摩的书面文件最早可追溯到1252年，书中将这个城市描述成铁矿贸易之城，但在一些关于挪威传说的书本里，这座城市被称为昂热非特的失落之城（据说，被昂热国王俘虏的新娘斯凯加弗将国王绞死了）。根据另一个传说，这个城市是由瑞典人比尔格·雅尔建立的，目的是让这个羽翼未丰的国家免遭海军入侵。暂且不论这些传说的真假性，这个城市的确迅速发展成了商业、矿业和渔业的中心并且最终加入了汉萨同盟。

15世纪时，因为瑞典人渴望推翻丹麦的统治，所以民族独立运动开始出现在斯德哥尔摩。不幸的是，革命并不顺利。1520年，丹麦国王克里斯蒂安二世来到这个城市，在他的煽动下，斯德哥尔摩惨案发生，这是一场针对瑞典大部分反对势力的大屠杀。接下来几年间，全国的起义活动获得了越来越多的成功，并且从卡尔马联盟（这是丹麦为控制斯堪的纳维亚半岛而取的一个好听的名字）脱离了出来，瑞典最终获得独立。瑞典第一任国王古斯塔夫·瓦萨于1523年登基，瑞典人口也开始急剧增长。在一百年间，公民数量增加了6倍。

在20世纪下半叶，斯德哥尔摩成为了欧洲伟大的学术中心之一：凯伯尔军校成立于1792年，是世界上最古老的军事学院之一；卡罗林斯卡学院成立于1811年，是欧洲最负盛名的医学院之一；此外还有成立于1827年的瑞典皇家理工学院；其中最古老的是瑞典皇家科学院，它是诺贝尔奖的发源地，由著名的自然学家卡尔·林奈在1739年创立。这个城市逐渐将发展的重点由之前的渔业、矿业和船舶业转为高科技研究、现代制造业，并且为那些不出名的科学家投资数百万用于他们的科研事业。