日内瓦最初建于山上，在这里旧石器时代的游牧民可以俯瞰美丽的湖泊，公元前500年左右，日内瓦成为凯尔特人的要塞城，公元前121年，被罗马人占领。在1033年被德国占有以前，日内瓦的所有权一直在交战的邻国之间变换。那个时候，城市的主教作为地方既定君主，是圣罗马帝国皇帝的直系家臣，所以日内瓦变成了重要的教会所在地。

由于教会和国家权力划分得不够明确，接下来5个世纪里，萨伏依公爵和天主教教皇对日内瓦的权力进行不断争夺。当最后一任掌权主教于1533年逃离日内瓦时，日内瓦市民做出了一个冒险的举动：它试图摆脱天主教徒和萨瓦人的统治——日内瓦与伯尔尼的新教国家结盟并于1536年宣布日内瓦是新教主权国家。接下来的几年里，它仍然是新教信仰的大本营，尽管到了17世纪初，有些人已经重新信仰天主教了。

久而久之，日内瓦成为了一个科学学习和研究中心。1559年，约翰·加尔文成立了日内瓦学院（后来的日内瓦大学），作为“人道主义”的神学院。不久后，各种各样的科学家来到这里，并发现了有趣的事物——像地质学家先驱珍-安德烈·德吕克、物理学家菲尔曼·阿鲍齐特和博物学家弗朗索瓦·胡贝尔。1909年，该大学授予阿尔伯特·爱因斯坦第一个荣誉博士学位。最近的沃纳·亚伯（1978年诺贝尔医学奖得主）和位于日内瓦市西北郊的欧洲核子研究委员会第一任主任费利克斯·布洛赫都是日内瓦人。日内瓦甚至还建有历史科学博物馆，以纪念起源于这座城市的一切科学进步。