許せれざる異端を排撃する反改革への注力は、時として宗教的権力と世俗権力の協力を必要とする。審問官が異端者を罪人として追及し、信仰に関連した罪を犯した者を裁くためには、そうすることが欠かせないからだ。とりわけ有名なのは (悪名高いというべきかもしれない) スペインの審問だが、プロテスタント革命の時期にはヨーロッパ全土と新世界の各地で同様の審問がおこなわれた。概して審問の手続きは糺弾される側に不利なものだった。大局的に見れば、これは審問が最も盛んだった土地で自由な審問を妨げるという結果をもたらした。