I bonus ottenuti da una città-stato dipendono dal numero di Emissari che vi hai inviato. Gli Emissari si guadagnano nel corso del gioco grazie ai punti Influenza (ottenuti attraverso le politiche e le forme di governo), o istantaneamente quando completi alcuni Progressi civici. Quando otterrai un Emissario, ti verrà chiesto in quale città-stato vuoi inviarlo. Se hai più Emissari, puoi dividerli tra le varie città-stato come preferisci.

Dichiarare direttamente guerra a una città-stato elimina tutti i tuoi Emissari in quella città. In caso contrario, gli Emissari inviati in una città-stato vi rimangono indefinitamente. Gli Emissari presenti in una città-stato sono visibili a tutti i giocatori, e il loro invio potrebbe avere conseguenze diplomatiche. I bonus ottenuti sono basati sul numero di Emissari presenti, indipendentemente dall'eventuale presenza di Emissari di altre civiltà. Le città-stato dello stesso tipo condividono tutte gli stessi bonus. I bonus sono cumulativi, quindi se un giocatore invia sempre più Emissari nella stessa città-stato, i nuovi bonus si sommano a quelli già ottenuti. Ogni Emissario posizionato in una città-stato fa espandere i suoi confini di 1 casella.

Completare con successo la missione Fabbrica scandalo rimuoverà gli Emissari di una civiltà rivale dalla città-stato prescelta.