José de San Martín, le "Libérateur de l'Argentine, du Chili et du Pérou" fut le chef militaire des forces patriotiques qui s'opposèrent aux Espagnols pendant les guerres d'indépendance, dans les régions méridionales d'Amérique latine : en Argentine, au Chili et au Pérou. Il entama sa carrière de soldat en affrontant les armées de Napoléon en Espagne, mais ses origines argentines le poussèrent à rentrer chez lui lorsque les colonies d'Amérique du Sud entreprirent de s'opposer au régime hispanique. Il peut paraître étrange qu'un homme combattant pour une patrie retourne si vite sa veste, mais l'Espagne pour laquelle luttait José de San Martín était un régime démocratique. Or, quelques années après le départ de José de San Martín, le roi espagnol Ferdinand VII restaura la monarchie absolue, s'aliénant au passage une partie de son peuple, plus favorable à une forme de gouvernement républicain. En Argentine, José de San Martín fut placé à la tête de l'armée du Nord et combattit au haut Pérou. Après la reconquête du Chili par l'Espagne, il prit plus tard le commandement de l'armée des Andes.

Les Andes sont constituées de pics acérés et, si les Incas étaient à l'aise sur ce terrain accidenté, les armées "à l'occidentale", avec leurs canons et leurs chevaux, n'y étaient guère adaptées. José de San Martín, cependant, était un maître de la logistique. Il divisa ses troupes en de multiples colonnes pour leur permettre de traverser cette région inhospitalière avec un minimum de pertes et réalisa ainsi la plus grande traversée militaire des Andes. Au combat, son esprit tactique fit également des merveilles ; il vola des pistolets espagnols et les retourna contre leurs propriétaires lors de la bataille de Maipú, dans le cadre de la guerre d'indépendance du Chili. José de San Martín avançait ses troupes tout en exhortant les peuples indigènes du Pérou à se dresser contre les Espagnols. Après la défaite du vice-roi hispanique au Pérou, José de San Martín devint le nouveau protecteur du pays.

José de San Martín s'assurait toujours d'obtenir la confiance et la loyauté de ceux pour qui il luttait. Il refusa notamment de diriger le Chili, clamant que le pays avait besoin d'un chef chilien, et non argentin. Il hésita également à adopter des réformes trop libérales au Pérou, conscient que la région était plutôt conservatrice. Pendant le siège de Lima, José de San Martín craignit d'envahir la ville, de peur que le peuple ne voie pas d'un bon œil cette force armée étrangère. Il encouragea également l'émancipation des esclaves (un choix que certains considèrent avec cynisme, car José de San Martín avait besoin d'hommes en état de se battre et il les trouva dans les mines et les plantations). Enfin, il souligna le caractère idéologique du combat pour l'indépendance et contre l'absolutisme, jusqu'à faire le parallèle entre les luttes antiroyalistes survenues en Espagne et les guerres d'Amérique latine.

Après la libération du Pérou, Bolívar et José de San Martín se rencontrèrent enfin dans le but de discuter des frontières entre la Colombie et le Pérou. La réunion, connue sous le nom d'entrevue de Guayaquil, se tint à huis clos, mais peu de temps après, José de San Martín renonça à son titre de protecteur et quitta l'Amérique latine. Il est aisé d'établir un lien entre le départ de José de San Martín et la querelle qui éclata bientôt entre Santander, aux aspirations démocratiques, et l'absolutiste Bolívar.