Fils aîné d'Hōjō Tokiyori, véritable dirigeant du Japon en tant que cinquième shikken (régent) du shogunat de Kamakura, Tokimune fut destiné dès sa naissance, en 1251, à devenir tokuso, le futur "chef" du clan Hōjō, et donc élevé de façon à se montrer digne de son père. Il prit le pouvoir en 1268, et à sa mort, seize années plus tard, il avait remodelé intégralement le Japon.
Dès qu'il obtint le titre de shikken, Tokimune dut faire face à une crise qui secoua tout le pays : l'empereur mongol de Chine, Kubilai Khan, envoya un émissaire pour ordonner au Japon de se soumettre à leurs lois, sous peine de subir leur invasion. Malgré les hauts cris de la plupart des membres du gouvernement et de la famille royale, désireux de trouver un compromis, le jeune Tokimune osa rejeter la demande et renvoya les émissaires chez eux, dieu seul sait dans quel état.
D'autres émissaires mongols refirent la même demande à quatre reprises en quatre ans, mais Tokimune resta sur ses positions. Anticipant la réaction des Mongols, il déploya des troupes dans l'île de Kyushu, au sud, pour contenir une éventuelle invasion, qui ne tarda pas à se produire en 1274. Quelques 25 000 guerriers mongols et coréens s'emparèrent des petites îles alentour, mais un puissant vent divin s'abattit sur eux et les força à rentrer chez eux. La menace était donc écartée... pour l'instant.
Nonobstant l'invasion, Kubilai était un homme raisonnable, et en 1275, il envoya cinq autres émissaires pour négocier un énième tribut. Comme ces derniers refusaient de partir sans réponse de la part de Tokimune, le shikken les fit décapiter dans la ville de Kamakura. En 1279, le Mongol, décidément entêté, envoya cinq autres émissaires qui subirent le même sort. La cour impériale, sentant le danger approcher, ordonna à tous les temples de commencer à prier pour la victoire face aux Mongols, et Tokimune fit ériger des fortifications le long des côtes susceptibles de servir de points d'invasion.
Lors de l'été 1281, une menace bien plus sérieuse se profila à l'horizon. D'après la légende, près de 140 000 Mongols et alliés à bord de 4 000 navires atteignirent les côtes et se frottèrent à toute l'armée et à la flotte japonaise, sous les ordres de Tokimune. Vaincus sur les débarcadères des îles Tsushima et Shikano, les Mongols finirent par réussir à mettre pied à terre à Iki, avant de se retirer sur l'île d'Hirato. Trois jours plus tard, les Japonais attaquèrent la flotte mongole, provoquant de tels dommages et une telle consternation chez leurs ennemis que la plupart de leurs chefs décidèrent de retourner en Chine, laissant derrière eux environ 100 000 troupes sans commandement. En août, le fameux typhon "kamikaze" ("vent divin") s'abattit pendant deux jours sur les navires mongols, qui coulèrent en grande partie, y compris le navire de l'amiral coréen. Il ne resta plus alors aux samouraïs de Tokimune qu'à éliminer l'armée des 100 000.
Le Japon était sauvé ; il ne serait plus jamais menacé d'invasion avant la fin de la Deuxième Guerre mondiale, et Tokimune put donc se tourner vers d'autres préoccupations, comme la médiation zen et la construction de temples et de monastères bouddhistes, à l'image de celui d'Engaku-ji, érigé en mémoire des samouraïs tombés face aux Mongols. Si dans sa jeunesse, Tokimune avait appartenu à l'école bouddhiste Ritsu, il s'était converti au zen peu avant l'invasion, et sa foi était telle que le jour de sa mort, "il pratiqua la tonsure et se fit moine zen", sans doute un peu tard, hélas, pour trouver la véritable illumination.
Grâce, notamment, à la victoire de Tokimune sur les Mongols, le bouddhisme zen commença à se diffuser rapidement chez les samouraïs. Si certains croyaient sans doute réellement à ses enseignements, une partie d'entre eux ne s'y adonnaient que pour gagner les faveurs du shikken. Cette croyance, traitée jusqu'ici par le mépris, se propagea depuis Kamakura, siège du pouvoir du clan Hōjō, jusqu'à la capitale impériale de Kyoto. Tokimune lia également le zen au code moral du bushido, qui mettait en avant la frugalité, les arts martiaux, la loyauté et "l'honneur jusque dans la mort". Héritage du néoconfucianisme, le bushido sous Tokimune mêlait des éléments du shinto et du zen, avec une touche de sagesse et de sérénité pour contrebalancer la violence du code. À terme, le shogunat Tokugawa finit par officialiser certains de ces enseignements dans la loi féodale japonaise.
En plus de l'édification de temples en l'honneur des samouraïs tombés face aux Mongols, Tokimune entreprit plusieurs initiatives destinées à aider les guerriers de façon plus pragmatique, même s'il mourut avant que la plupart n'entre en vigueur. Des terres ("shōen") furent octroyées aux officiers ("kyunin") et aux propriétaires ("myôshu") qui n'avaient pas encore été récompensés, et leurs propriétés qui avaient été vendues ou mises en gage pour héberger les troupes leur furent gracieusement rendues. Une commission spéciale de "tokusei no ontsukai" ("agents de la loi vertueuse") était chargée de la supervision de ces transactions. Un autre décret stipulait que les terres des temples qui avaient été mises en gage devaient être rendues aux monastères zen, en signe de gratitude pour les prières faites en temps d'invasion.
Malheureusement, Hōjō Tokimune mourut au beau milieu de tous ces accomplissements, en 1284, victime d'une maladie inconnue. Ayant rendu des services dignes d'un héros au Japon, il devint un véritable symbole. Mais les énormes dépenses consacrées au combat contre les Mongols et à la diffusion du bouddhisme zen avaient affaibli le shogunat de Kamakura et le trésor personnel du clan Hōjō, à tel point qu'ils finirent par être remplacés un demi-siècle plus tard par le shogunat Ashikaga, suite à la restauration de Kenmu.