Женева была основана кучкой дикарей еще в эпоху палеолита. Примерно к VI веку до н. э. деревня на холме над живописным озером превратилось в укрепленный город кельтов, который в 121 году до н. э. захватили римляне. Женеву захватывало то одно соседнее государство, то другое, пока она не оказалась под властью немцев в 1033 году. К тому времени город стал важным духовным центром. Епископ Женевы был прямым подданным императора Священной Римской империи, а также фактическим правителем города.

Так как разделение церкви и государства было не слишком четким, в течение следующих пяти столетий графы Женевские, а затем герцоги Савойские боролись за власть в Женеве с Папами. В 1533 году, когда последний правящий епископ покинул город, граждане Женевы решились на рискованный шаг для того, чтобы избавиться сразу и от герцогов, и от католиков: город заключил оборонительный союз с Берном и Цюрихом и в 1536 году был объявлен суверенным протестантским государством. Женева оставалась оплотом протестантов долгие годы, хотя некоторые жители в начале XVII века вернулись к католицизму.

С течением времени Женева стала центром науки и образования. В 1559 году Жан Кальвин основал Женевскую академию (позже университет Женевы) под названием «Теологическая и гуманистическая семинария». Вскоре в город прибыли ученые, занимавшиеся различными интересными вещами, в числе которых были геолог-новатор Жан Андре Делюк, богослов Фермен Абози и натуралист Франсуа Гюбер. В 1909 году в университете Женевы Альберт Эйнштейн получил свою первую докторскую степень. Еще недавно в Женеве жил Вернер Арбер (получивший Нобелевскую премию по медицине в 1978 году) и Феликс Блох, первый директор ЦЕРН (Европейской организации по ядерным исследованиям), которая расположена на северо-западной окраине города. Чтобы увековечить роль Женевы в развитии науки, в городе открыт Музей истории науки (Musée d’Histoire des Sciences).