W ustawieniach gry gracze mogą włączyć tryb tajnych stowarzyszeń, który wprowadza do rozgrywki nowe, potężne siły wywierające w tajemnicy wpływ na świat.

Na świecie istnieją cztery działające w ukryciu tajne stowarzyszenia. Aby nawiązać z nimi kontakt, szukaj ich tam, gdzie skupiają się ich wpływy: w obozach barbarzyńców, w plemiennych wioskach, w pobliżu cudów natury i w miastach-państwach. Powodzenie poszukiwań nie jest gwarantowane, ale prawdopodobieństwo sukcesu jest większe w przypadku stowarzyszeń, które nie są jeszcze znane innym graczom, oraz kontynentów, na których stowarzyszeń jeszcze nie odkryto.

Sowy Minerwy to sekretne stowarzyszenie wysoko postawionych i majętnych osobistości. Skupiają się na ustroju, handlu i szpiegostwie. Aby zyskać szansę na nawiązanie kontaktu z Sowami Minerwy, wysyłaj emisariuszy do miast-państw, w których nie masz w danej chwili emisariuszy.

Hermetyczny Zakon to stowarzyszenie nieortodoksyjnych naukowców i alchemików. Ich prace skupiają się na nauce, wielkich ludziach i zasobach. Aby zyskać szansę na nawiązanie kontaktu z Hermetycznym Zakonem, odkrywaj cuda natury.

Piewcy Pustki to nihilistyczny kult mrocznych starszych bóstw. Skupiają się na religii, relikwiach i (nie)lojalności. Aby zyskać szansę na nawiązanie kontaktu z Piewcami Pustki, eksploruj wioski plemienne.

Członków Paktu Sangwinistycznego łączy niezdrowy apetyt na krew. Skupiają się na tworzeniu potęgi wojskowej. Aby zyskać szansę na nawiązanie kontaktu z Paktem Sangwinicznym, niszcz obozy barbarzyńców.

Możesz też osiągnąć tajny poziom widoczności dyplomatycznej innego gracza. Zapewni ci to automatyczny kontakt z jego stowarzyszeniem. Po nawiązaniu kontaktu dowiesz się, którzy przywódcy do niego należą – informację tę znajdziesz na ekranie dyplomacji, nawet jeśli nie zdecydujesz się dołączyć do stowarzyszenia.

Nawiązanie kontaktu z tajnym stowarzyszeniem to tylko pierwszy krok. Odblokowuje unikalnego gubernatora oferującego potężne premie, którego nie trzeba przypisywać do miasta. Aby uzyskać pełne członkostwo w stowarzyszeniu, wyznacz związanego z nim gubernatora. Wstąpienie do stowarzyszenia wiąże cię z nim do końca danej rozgrywki.

Sojusze z graczami należącymi do twojego stowarzyszenia szybciej generują punkty sojuszu, a oni sami mają o tobie lepszą opinię na polu dyplomacji. Z drugiej strony gracze, którzy należą do innych stowarzyszeń, będą żywili do ciebie niechęć, gdy odkryją twoje powiązania.

Każdy gubernator dysponuje czterema odblokowywanymi kolejno awansami. Inaczej niż w wypadku zwykłych gubernatorów, efekty kolejnego awansu ujawniane są dopiero po zdobyciu awansu, który go poprzedza. (Jeśli nie lubisz niespodzianek, odpowiednie informacje znajdziesz w Civilopedii).

Nad planami tajnych stowarzyszeń pracuje wiele pokoleń ich członków, więc promocje gubernatorów nie są dostępne od razu. Drugi awans staje się dostępny z nastaniem średniowiecza, trzeci w epoce przemysłowej, a czwarty w epoce atomu.