플레이어는 게임 설정에서 비밀 결사 게임 모드를 활성화하여 월드에 비밀스럽고 강력한 새로운 세력을 등장시킬 수 있습니다.

암암리에 활동하는 네 가지 비밀 결사가 있습니다. 접촉하려면 야만인 전초기지, 부족 마을, 자연경관 또는 도시 국가처럼 그 영향력이 숨어 있는 곳에서 결사를 찾으십시오. 발견 성공 여부는 보장되지 않지만, 다른 플레이어가 발견하지 못한 결사나, 아직 결사가 발견되지 않은 대륙에서 찾는다면 발견 가능성이 큽니다.

미네르바의 부엉이는 고관과 부자들로 이루어진 비밀 단체입니다. 그들은 정부, 교역로, 스파이에 주력합니다. 현재 사절을 파견하지 않은 도시 국가에 사절을 파견해 접촉을 시도하십시오.

황금여명회는 이단 과학자와 연금술사들로 구성되어 있습니다. 그들은 과학, 위인, 자원에 주력합니다. 자연경관을 발견해 접촉을 시도하십시오.

보이드싱어는 고대 암흑신을 숭상하는 허무주의 집단입니다. 그들은 종교, 성유물, 불충에 주력합니다. 부족 마을을 조사해 접촉을 시도하십시오.

피의 결사는 피에 대한 타락한 욕구를 공유합니다. 그들은 강력한 군대에 주력합니다. 야만인 주둔지를 점령해 접촉을 시도하십시오.

아니면 다른 플레이어에 대한 외교 시정의 비밀 레벨에 도달하면 이 플레이어의 결사와 자동으로 접촉하게 됩니다. 결사와 접촉한 후에는 가입하지 않은 상태에서도 외교 화면에 방문해 어느 다른 지도자가 해당 결사의 회원인지 볼 수 있습니다.

비밀 결사와 접촉하는 것은 첫 번째 단계일 뿐입니다. 접촉하면 도시에 할당할 필요가 없는 강력한 보너스를 가진 특유한 총독이 잠금 해제됩니다. 완전한 자격을 갖춘 결사의 회원이 되려면 해당하는 총독을 임명해야 합니다. 결사의 회원이 되면 게임에서 영구적으로 해당 결사에 속하게 됩니다.

같은 결사의 회원인 플레이어들과 동맹을 맺으면 동맹 점수가 더 빨리 발생하며, 이들은 외교에서 플레이어에 대해 더 좋은 의견을 가지게 됩니다. 그러나 다른 결사의 회원인 플레이어들은 플레이어의 가입에 대해 알게 되면 플레이어를 싫어합니다.

각 총독에게는 순차적으로 잠금 해제되는 진급이 네 개 있습니다. 일반적인 총독 진급과 달리, 각 진급의 효과는 이전의 진급을 획득하기 전에는 드러나지 않습니다. (놀라지 않으려면 문명 백과사전을 계속 참고하십시오.)

비밀 결사는 계획을 세우는 데 몇 세기의 시간이 필요하므로 모든 진급을 바로 사용할 수는 없습니다. 두 번째 진급은 게임이 중세 시대에 진입하면 사용할 수 있습니다. 세 번째 진급은 산업 시대에 사용할 수 있으며, 마지막 진급은 원자 시대에 사용할 수 있습니다.