스톡홀름이 기록된 최초의 문서는 서기 1252년에 작성되었습니다. 이 문서에는 스톡홀름을 철 교역 도시로 설명하고 있지만 노르웨이의 몇몇 전설에서는 이곳을 아그나피트(사로잡힌 신부 스카잘프에 의해 전설의 앙주 왕이 교살 당한 곳)의 잃어버린 도시라 주장하고 있습니다. 또 다른 설화에 따르면 스웨덴의 비르예르 얄이 신생 국가를 현지인들의 침략으로부터 보호하기 위해 건립한 도시라는 말도 있습니다. 그 기원이야 어찌 됐든 이 도시는 빠르게 성장하여 상업, 광업 및 어업의 중심지가 되었고 나중에는 한자 동맹의 일원이 되었습니다.

15세기에는 스웨덴 국민들이 덴마크 통치자가 물러나길 갈망했고 이로 인해 스톡홀름 내에서 독립 운동 조직이 형성되기 시작했습니다. 하지만 안타깝게도 혁명은 실패했고 1520년에는 덴마크 왕인 크리스티안 2세가 도시에 입성하여 스톡홀름 대학살을 통해 스웨덴의 반대 세력을 대부분 처형하였습니다. 이후에 스웨덴에서 벌어진 반란은 보다 성공적이었고, 스칸디나비아에 대한 덴마크의 지배권의 순화된 표현으로 볼 수 있는 칼마르 동맹이 와해되면서 스웨덴은 마침내 독립을 하게 됩니다. 스웨덴의 초대 국왕인 구스타프 바사가 1523년에 왕위에 올랐고 스톡홀름의 인구는 급성장하기 시작했는데, 100년이 채 되지 않아 시민의 수는 여섯 배로 늘어났습니다.

20세기 후반 스톡홀름은 유럽 학문의 중심지 중 하나로 자리잡았습니다. 세계에서 가장 유서 깊은 군사 학교인 칼베르크 사관 학교(1792년), 유럽에서 매우 명망 있는 의과 대학 중 하나인 카롤린스카 연구소(1811년)와 왕립 공과대학(1827년) 등이 연이어 설립되었는데, 그 중에서도 가장 오래된 곳은 노벨상의 고향인 스웨덴 왕립과학 아카데미였습니다. 이 학교는 유명한 박물학자인 칼 린네가 1739년에 설립한 곳입니다. 도시는 계속해서 어업, 광업, 운송 등의 전통 산업에서 벗어나 첨단 기술 연구 및 최신식 제조 분야로 전환하고 있으며 무명의 과학자들을 전폭적으로 지원하고 있습니다.