In fase di impostazione della partita i giocatori possono attivare la modalità Società segrete, che introduce nel mondo organizzazioni potenti e misteriose.

Nel mondo ci sono quattro Società segrete che tramano nell'ombra. Per contattarne una, cercala dove la sua influenza potrebbe nascondersi: negli Avamposti barbarici, nei Villaggi tribali, vicino alle Meraviglie naturali o nelle città-stato. Il successo non è mai garantito, ma è più probabile scoprire le Società ancora ignote agli altri giocatori, su continenti dove non è ancora stata scoperta alcuna Società.

Le Civette di Minerva sono un gruppo segreto di ricconi che occupano posti di comando. Si concentrano su forme di governo, Rotte commerciali e spionaggio. Tenta il contatto inviando Emissari nelle città-stato in cui non ne hai ancora inviato uno.

L'Ordine Ermetico è una Società di scienziati occulti e alchimisti. La loro ricerca si concentra su Scienza, Grandi Personaggi e risorse. Tenta il contatto scoprendo Meraviglie naturali.

I Cantori del Vuoto hanno formato un culto nichilista dedicato a oscuri dèi antichi. Si concentrano su religione, reliquie e sulla (s)Lealtà. Tenta il contatto esplorando i Villaggi tribali.

Il Patto di Sangue è formato da creature che condividono un peculiare appetito per il nettare scarlatto. La loro attenzione si concentra sulla forza militare. Tenta il contatto catturando Avamposti barbarici.

Alternativamente, raggiungere il livello di Visibilità diplomatica Segreta con un altro giocatore ti farà contattare automaticamente la sua Società. Una volta che hai contattato una Società, anche se non ti sei ancora unito a essa potrai vedere quali leader ne fanno parte nella schermata della diplomazia.

Contattare una Società segreta è solo il primo passo. Questo sblocca un Governatore esclusivo dotato di bonus potenti, che non dev'essere assegnato ad alcuna città. Per diventare un membro a tutti gli effetti della Società basta nominare il Governatore corrispondente. Una volta entrato in una Società dovrai rimanerci per il resto della partita.

Le alleanze con i giocatori che fanno parte della stessa Società generano Punti alleanza più rapidamente; inoltre quei giocatori avranno un'opinione su di te migliore durante la diplomazia. I giocatori membri di un'altra Società, tuttavia, ti saranno più ostili una volta scoperta la tua affiliazione.

Ogni Governatore ha 4 promozioni sbloccate in sequenza. A differenza delle normali promozioni Governatore, in questo caso l'effetto non è rivelato finché la promozione stessa non è stata ottenuta (se però non ami le sorprese, puoi sempre continuare a leggere la Civilopedia).

Le Società segrete richiedono intere generazioni per tessere le loro trame, perciò non tutte le promozioni sono disponibili da subito. La seconda si sblocca all'entrata nell'epoca medievale, mentre la terza nell'epoca industriale. La quarta e ultima è disponibile a partire dall'epoca atomica.